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就当兄弟俩认为他们终于重获新生时，他们被重新拉回原点——这次的越狱将更加危机重重。
就在Micheal成功得将他被诬陷为杀人犯的哥哥LINCOLN BURROWS 解救出福克斯河监狱后，Michael、Lincoln和其他几位越狱犯成为全国搜捕的目标，逐渐剩下的犯人们被引到了巴拿马。虽然随着真相逐渐明朗，Lincoln已经已经被美国法院宣布无罪，但是这对兄弟的自由和快乐时光非常短暂，因为很快Michael就被“公司”设计而被送往Sona监狱，这个有政府背景的“公司”也正是栽赃诬陷Lincoln入狱的“公司”。Michael很快意识到他之所以被送到这个监狱，是为了让他策划另一起看起来无比艰险、几乎无法完成的越狱，这次他要帮助越狱的人叫WHISTLER ，他是一个非常神秘e79fa5e98193e59b9ee7ad94366而且生活在下水道的囚犯。MICHAEL SCOFIELD被误抓到巴拿马的一个恐怖监狱Sona，这里没有法规，没有狱警，同时也没有逃脱的机会。
Sona监狱，跟任何美国监狱都不同，该监狱曾经的一次犯人大暴动让狱警和相关部门都避而远之，狱警此后只是在监狱数十米之外围栏警戒。监狱内则让犯人自生自灭，而现在真正在内部管理监狱的是犯人老大LECHERO。
自从到了Sona监狱后，Michael要做的就是避免让犯人老大Lechero起疑心或者冒犯他，同时他还要时刻提防跟他一起入狱的三位犯人，以免越狱计划更可能破产：ALEX MAHONE ，叛变的FBI探员，也曾参与“公司”事务。BRAD BELLICK ，前福克斯河监狱狱警，为了赏金追捕逃犯，不想自己也锒铛入狱。THEODORE “T-BAG” BAGWELL 独臂变态杀人犯。
而Lincoln则需要在狱外协助这起越狱，因为只有越狱成功才能解救他的儿子LJ 和Michael的挚爱女友SARA TANCREDI。在巴拿马，Lincoln和福克斯河监狱的另一位逃犯FERNANDO SUCRE (Amaury Nolasco饰演)汇合，同时也遇到了两个美丽女人：SUSAN B. ANTHONY ， 一位“公司”的冷酷无情的女人。SOFIA、 Whistler的无辜女友，她也没料到危险在逼近。
时间非常有限，而Michael和Lincoln必须尽快找到和爱人们团聚，摧毁“公司”，以及执行这起难度最大的越狱计划。
是2007年8月29日播出
3月31日)，越狱导演Scheuring称，《越狱》不光要拍第三季，而且剧情还将回归到最精彩的故事起点———众主角又将被关入巴拿马的监狱，他们要用尽各种匪夷所思的手段逃出去。不过让粉丝悲伤的是，主角迈克和他的哥哥林肯将会在这季死去一个。
Scheuring说：“第三季故事主线讲述的是逃到巴拿马的林肯和迈克，最终将被投入监狱中，很可能是巴拿马的监狱。”他还介绍，第三季本质上是新的一章，“通过前两季，每个角色已经彼此独立地发展故事了，但在第三季中他们将再次走到一起。”
Scheuring透露：“第三季会引入许多新的人物，其中有两个女性。”值得一提的是，他指出“林肯和迈克在第三季回归时不要指望他们俩都还是安全的”，Scheuring还暗示了他俩中的一个将在前半季中死掉。Scheuring透露，剧组已开始为第三季的拍摄地点选址，其中有佛罗里达和路易斯安纳。
越狱》男主角文特沃斯-米勒
根据美国媒体报道，目前福克斯已经开始着手制作《越狱》第3季。而将在4月9日播出的《越狱》第2季的最后一e69da5e887aa7a64331集，“政府阴谋”这条故事线会基本上收拢完结。
近日《越狱》主创保罗·史切林透露自己已经开始为第3季搜索素材，这一季将是全新的故事，还会有新的角色出现。目前具体的情节对外保密，不过在逃往巴拿马途中和联邦调查局斗智斗勇的迈克尔和林肯二人很有可能会在巴拿马和其余几位越狱者会合。史切林说，“他们将消失在风中，所有的故事将变得更加扑朔迷离，同时他们将再次聚集起来，继续合作。”
到时越狱迷们又可以剧中人物的超凡智慧了！！！
：《越狱》第2季的结局已经为第3季埋下逃狱伏笔：特工金姆在巴拿来马找到了迈克尔兄弟，正欲下手，源幸亏在美国成功脱罪的萨拉及时出现，开枪击毙金姆。没料想，巴拿马警察早就埋伏在四周，迈克尔兄弟不得不再度分离。迈克尔毅然百替萨拉顶罪，被关进巴拿马超级监狱Sona。而与他一同坐牢的，还有遭女总统用完度即弃的联邦密探马洪、娈童逃犯T-Bag和前狱卒队长巴利克。