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虽然有些剧情我也没弄明白，但是从第一关说起大概如下： 在阿富汗前线基地，来了一位新兵，在接受玩前线训练后就马上投入到了美军对一个城镇的清剿战斗里，由于表现出色，被谢普德将军选中成为打入俄罗斯极端主义组织头目马卡洛夫身边的一面卧底，为了表现出自己并非卧底，所以跟马卡洛夫在莫斯科机场搞了一场大屠杀，但是在前来接应的车前卧底被马卡洛夫杀害。 原来，谢普德将军便是《使命召唤4》里指挥美国大军前往中东抓捕阿拉萨德的最高前线指挥官，在4代首都关中引爆的核弹致使谢普德将军下属的3万多士兵阵亡，这不仅让美国世界霸主的地位极大的被动摇，而且作为指挥官的谢普德更是一蹶不振，所以他发e79fa5e98193e4b893e5b19e339誓要通过极端手段挽回自己和美国的颜面，所以他便成立一个秘密组织和俄罗斯马卡洛夫极端组织进行秘密往来，并准备合伙搞一场大阴谋。第一步便是在阿富汗前线精心挑选一名得力士兵，打入马卡洛夫身边，然后又故意向马卡洛夫吐露了其卧底的真是身份，所以才在莫斯科机场屠杀准备撤离的时候故意杀害卧底，并将尸体留在机场，以此栽赃美国，果然，俄罗斯方便根据留在机场的尸体断定机场大屠杀是美国人故意对俄罗斯的挑衅，并集结大军向美国宣战。谢普德将军想借由美俄大战来提升自身价值，恢复美国全球霸主的地位。 当然，入侵美国并非易事，俄罗斯想尽办法击落一枚美国的军用通信卫星，并使其坠落在俄境内，俄罗斯将卫星隐藏在哈萨克斯坦天山下的军事基地以破解卫星解码器来瘫痪美国防御网。美国和英国共同组建的141特别行动小组奉命前往天山基地回收卫星解码器，这就是和索普一开始爬雪山的那关。但是141到达基地后发现，卫星密码已经被俄罗斯破解，俄罗斯入侵美国以在所难免。 141小组也秘密前往俄罗斯调查大屠杀真相，从现场留下的弹壳来看，141断定和大屠杀的武器系巴西一军火商提供，于是141火速前往里约热内卢抓捕军火贩。后其口供中供述大屠杀幕后黑手是马卡洛夫集团，但美俄大战已不可避免了。 在美国战场上，俄罗斯向美国发动大规模空降作战，首都华盛顿包括国会山和白宫等地区大部分沦陷，美国守军在本土苦苦支撑。 另一面，141小组有得到谢普德将军命令，在俄罗斯部队袭击一公海上的石油平台，并以此作为俄罗斯向美国进行电子侦查和干扰的平台，由于有人质做掩护，所以无法直接对平台发动空中打击，141小组奉命从水下潜入，笑面平台俄守军，接触危机。 然后141有接到谢普德命令，前往库页岛一军事监狱解救一个代号627的囚犯，141由4代主角索普带队迅速出发，在一通激战后，发现627号囚犯就是索普的上司，4代中的普莱斯上尉，谢普德是想借普莱斯过人的暗杀本领干掉马卡洛夫，以免自己和其丑陋合作败露，但普莱斯当即回绝，并中断和谢普德联系。 再得知美俄大战爆发后，普莱斯打算利用俄罗斯一核潜艇上的核弹，引发美国东部的EMP（电磁脉冲干扰），以中断美国和俄罗斯的混战。141立即动身突袭俄罗斯一军用港口，理由核潜艇发射核弹并在外太空引爆，这样冲击破和辐射到不了地球上，但EMP仍然作用在地球上，EMP引发美国东部的电子装置全部失效和打范围停电。 在华盛顿，本来占优势的俄军受EMP影响，装备全部失灵，美军乘机一举拖回白宫，美军战役结束。 141方面，谢普德再次下令141秘密前往位于俄罗斯的一处马卡洛夫别墅，从马卡洛夫电脑主机搜索其犯罪证据，但在141拿到装有犯罪证据的移动硬盘后，谢普德却将参与此次行动的141成员灭口（主角和幽灵在此关阵亡），原来谢普德是害怕这份证据资料里记载着自己和马卡洛夫的暗箱合作，又担心证据会落到普莱斯等人手里，所以才命141现行取得证据，然后在杀人灭口防后患。 而索普和普莱斯此时正在阿富汗飞机墓场跟踪谢普德和马卡洛夫行踪，后来偶遇美军和俄军混战，深陷其中，后在4代线人尼古莱的帮助下，乘C-130逃离。 最后一关，索普和普莱斯前往谢普德位于山洞内的秘密基地，暗杀谢普德，在一通惊心动魄的潜入，厮杀，热血沸腾的快艇追逐和肉搏后，谢普德将军倒毙于索普的飞刀门下，后又在尼古莱的帮助下回国，剧情结束。美俄战争结局，马卡洛夫下场都没说，现代战争3再见。 补充： 最后那张合影就是141特别行动小组的所有成员（普莱斯上尉也算是吧），除了索普和普莱斯基本上都在频繁的危险任务中阵亡了。
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小强：游戏中玩的时间最长的角色，百在获取马可罗夫的情报后，被将军谢菲尔德叛变杀害。 幽灵：游戏里给我印象最深的角色，总是带着个面罩，结局和小强一样，被谢菲尔德杀害。 肥皂：小强的长官：使命6最后度1，2关的主角，在追捕谢菲尔德时受重伤问，不过没死，被普莱斯和尼古莱所救。 普莱斯：和肥皂一同参与了追捕谢菲尔德的任务，最后和肥皂，尼古莱一起逃离。 谢菲尔德：美军头目，最后反叛141部队，被肥答皂杀死。 拉米雷斯：俄军进攻美军时的主角内：最后和长官一起成功解放了白宫。 尼古莱：最后和肥皂，普莱斯逃离。 阿伦：使命召唤第一关的主角，在莫斯科机场屠杀事件中卧底身份暴露，被马可罗夫杀害。容 主角的结局基本就是这样的。
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背景
故事发生在前作《使命召唤4：现代战争》的剧情之后5年。此时，俄罗斯已经被极端分子控制，扎卡耶夫也被宣传成了新的俄罗斯英雄。与扎卡耶夫有密切关联的恐怖主义者弗拉基米尔·马卡洛夫掌控了俄罗斯激进恐怖组织，世界再次不安定起来。为了应对严峻的国际形势，英国空降特勤队、美国中央情报局、美国海豹突击队等部门联合成立了“141特战队”（141 Task Force），前作的主角“肥皂”则成为141特战队的队长。
美军剧情
在美军剧情中，玩家可以控制三个人。一位是约瑟夫·艾伦，一位是詹姆斯·拉米雷斯，另一位是在空间站里的宇航员。
游戏开始时，玩家控制的是隶属于美国第75游骑兵团的约瑟夫·艾伦（Joseph Allen），在阿富汗执行行动。后由于其表现优秀，被希普德将军招募加入了141特战队，并指定为美国中央情报局潜伏在马卡洛夫极端组织的卧底。随后，艾伦在马卡洛夫的组织下到扎卡耶夫国际机场实行恐怖袭击，向平民扫射。但随后艾伦的身份暴露，在从机场撤退时被马卡洛夫杀死。马卡洛夫以此为“讯息”（Message），将责任推到美国身上。果然俄罗斯方面在机场事件调查之后认为这起恐怖袭击与美国有关。之后俄罗斯利用ACS模组（见141特战队剧情段落）瘫痪了美军卫星网络，使其无法正常识别，并且海陆空三管其下，发动对美国的战争。此时，玩家开始控制第75游骑兵团的二等兵詹姆斯·拉米雷斯（James Ramirez），跟随福利中士的领导，在华盛顿附近抵抗俄罗斯精锐部队。战斗中，美军发现一枚洲际弹道导弹正向美国东海岸靠近，美军司令部决定作出在华盛顿在导弹袭击而失守后的最坏打算，与此同时，拉米雷斯所在小队遭到伏击，陷入危机。此时的视角转向太空，玩家控制一名在空间站执行任务的宇航员，在太空中“观看”了一枚洲际弹道导弹高大气层爆炸的情景（见141特战队剧情段落），随后空间站被洲际弹道导弹爆炸产生的冲击波击毁，宇航员也不幸阵亡。而导弹爆炸后产生的强电磁脉冲（EMP）让美国东部地区所有电子仪器（包括俄军的）全部瘫痪。拉米雷斯所在的部队戏剧性地得救（此时由于EMP袭击，激光瞄准器等e79fa5e98193e4b893e5b19e332电子产品无法使用）。虽然导弹并没有直接袭击华盛顿城区，但美军司令部真的以为华盛顿已经失守，准备对华盛顿发动毁灭性空袭，拉米雷斯的部队得知这一消息后，趁俄军载具瘫痪之际重夺美国白宫，发射了信号弹，使美国空军终止了空袭任务。到此美军剧情就结束了。
141特战队剧情
在141特战队剧情中，玩家可以控制加里·“小强”·桑德森中士，或是约翰·“肥皂”·麦克塔维什上尉。
141特战队的剧情开始于哈萨克斯坦的天山，玩家控制的人物是加里·“小强”·桑德森中士（以下简称小强）和“肥皂”队长，前往位于天山山脉的一座俄军机场，回收遗失的人造卫星ACS模组（ACS是攻击识别系统），以防止机密落入敌手。然而俄罗斯还是赶在141特战队之前，破解了该模组，并在机场事件后利用模组中的相关资料瘫痪了美国卫星，向美国发动战争。141特战队判断，战争的主谋是马卡洛夫，于是开始调查马卡洛夫的踪迹。141特战队发现了一个可能与马卡洛夫有关的军火商，于是前往巴西，但没有得到任何有价值的情报。在一场人质解救行动任务之后，希普德将军要“肥皂”等人去俄罗斯“古拉得”监狱解救一名罪犯，称马卡洛夫十分讨厌这名罪犯。在激战之后，发现原来这名罪犯即《使命召唤4：现代战争》的普莱斯上尉，他已经被关在监狱数年之久。“肥皂”归还了普莱斯的枪（前作中杀死扎卡耶夫的手枪）。在解救成功之后，希普德将军要求141特战队继续追查马卡洛夫的下落，但普莱斯要求利用极端手段先解决美国和俄罗斯的战争，中断了与希普德将军的联系，并率领141特战队劫持了一艘俄罗斯的核潜艇，并向美国华盛顿高大气层发射了一枚洲际弹道导弹。导弹爆炸之后，俄罗斯军队由于EMP袭击而瘫痪，美军的局势终于得到逆转。随后，在将军的建议下，141特战队分成两队执行任务。一队由“肥皂”和普莱斯组成进军阿富汗，而二队则由“幽灵”和“小强”联手调查马卡洛夫一座别墅。“小强”一行虽然没能发现马卡洛夫，但截获了非常重要的情报，不过就在撤离之时，“幽灵”和“小强”被前来接应的希普德将军杀害，情报则落入了将军之手。此后镜头转到“肥皂”的部队，普莱斯和“肥皂”等人在阿富汗的某废旧飞机回收中心遭到了希普德将军袭击，但幸运的是此时马卡洛夫的部队也在和希普德将军的部队交火，他们利用这一混乱的局势，在尼古莱（Nikolai）的接应下成功撤退。普莱斯和“肥皂”终于明白希普德将军是战争的一个幕后黑手，但此时，希普德将军将普莱斯和“肥皂”列为了全球通缉犯，孤立无援，为了向“幽灵”和“小强”报仇，也为了手刃幕后黑手，他们联系了原来的敌人马卡洛夫，此时的马卡洛夫也很纳闷希普德将军的行为，也因为彼此之间有着一样的想法，于是他给了普莱斯和“肥皂”希普德将军所在的一个阿富汗秘密基地的坐标，“肥皂”他们抱着“有去无回”的决心，潜入了这个秘密基地。在一系列激战之后，希普德将军被身受重伤的“肥皂”飞刀插入头部致死。随后尼古莱坐了“小鸟”直升机来接应普莱斯和“肥皂”，并表示要带他们到个“好地方”，141特战队的剧情到此结束。
关于真相
希普德将军是五年前（即《使命召唤4：现代战争》剧情中）负责美军线行动的总指挥官，也是一名极端的爱国主义者（类似前作的扎卡耶夫）。在那次原子弹事件，他亲眼目睹的几万士兵瞬间死亡的情景，美国的形象也受到了很大影响。希普德将军更对在极端组织夺取俄罗斯控制权后美国政府的弱势态度，以及原子弹事件后美国海外军队的窘景感到十分不满。他决定利用马卡洛夫来引起战争（即美俄大战），希望在俄罗斯打击下改变美国现颓废的现状且重塑美国的世界霸主形象，然后再想方法铲除马卡洛夫。
使命召唤6的剧e799bee5baa6e4b893e5b19e330情是承接上一部现代战争的。
第一关是训练关，你扮演的是一位美军游骑兵师的海军陆战队队员约瑟夫阿伦，你将接受一系列的考核，上面会有谢菲尔德将军监督。在训练关卡后，你会跟随部队在中东进行一个定点军事清除行动，在这之后你会被谢菲尔德将军收入旗下，加入他麾下的141特勤队。
141特勤队是谢菲尔德将军策划成立的，是由美国英国加拿大澳大利亚的特种部队优中选优成立的。约瑟夫阿伦进入141之后的第一个任务就是潜入俄罗斯极端激进组织内部，不过一切都只是谢菲尔德将军设下的的陷阱。
在机场的那一关里，领头的不是黑手党，楼主理解错了，那个人是马卡洛夫，是俄罗斯极端组织的新头目。不知道楼主是否玩过现代战争1，里面的大反派就是伊姆兰扎卡耶夫，使命召唤6里面的这个马卡洛夫就是当年扎卡耶夫的手下。他为了挑起美俄大战，不惜在扎卡耶夫国际机场制造血腥的恐怖活动，并且成功了。
在离开之前，马卡洛夫击毙了内鬼约瑟夫阿伦，后面的剧情楼主可以仔细看看，是谢菲尔德将军把内鬼的信息告诉了马卡洛夫的，他和马卡洛夫打成了这样一个默契，给了他们两个开战的理由。
楼主应该还记得那个进攻安全屋的关卡吧，在那个高加索山脉的俄罗斯边境，小强和ghost都被谢菲尔德将军击毙，这也是谢菲尔德全盘计划的开始：清除141全体人员！
谢菲尔德将军清理门户，杀人灭口，以达到他进行大战，成为英雄的目的，但是马卡洛夫也不是吃素的，他把谢菲尔德将军在阿富汗的藏身处告诉了普莱斯和soap，他也是希望能够借助141的手除掉谢菲尔德这个对手。最后普莱斯和soap也的确做到了。
建议楼主去玩一下使命召唤4现代战争，里面的剧情跟这一部是承上启下的，否则你会感到这一部现代战争的剧情十分地突兀。