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首先纠正1L，主兽都是菊草叶，火球鼠和小锯鳄，没有什么不同！
不同在于：
桔梗市e68a84e8a2ade799bee5baa6e997aee7ad94337西边新增了一片草地，并且在这里可以捕获卡蒂狗。这就使得没有选择炎系初学者神奇宝贝（在这个版本中是火球鼠）的玩家能够比其他版本中更早地收服到炎系神奇宝贝。冰之通路的迷宫变化，并且内部结构改为冰结构。
烧焦塔全部重新设计。
神奇宝贝联盟中渡的房间重新设计，现在玩家可以看见迷你龙的雕像。
雷公、水君和炎帝的战斗拥有特殊的战斗音乐。水晶版也是第一个与传说中的神奇宝贝对战会出现不同的战斗音乐的版本。
龙穴做了细微的调整：龙圣祠开放，圣祠后院添加了四棵铁头功树。
首次添加了神奇宝贝的登场动画，这个设计曾一度被废除，直到绿宝石版才再度采用。
某些神奇宝贝的图像重新设计，譬如黑鲁加和雷公；狃拉、水君等在金银两版中共用同一图像的神奇宝贝的图像做了细微调整。然而大多数神奇宝贝仍旧沿用金银版的图像。
部份训练家的台词改变。
玩家可以选择女主人公，克丽丝作为自己的游戏角色。这是第一个可以选择女主人公的版本。
水晶版出现了米那君，以捕获水君为自己的目标。
洛奇亚和凤王均以等级60出现在游戏中。
凤王不能被捕捉直到玩家捕获了炎帝、水君、雷公。
阿露福遗迹变更，增加了未知图腾的出现率。
在日文水晶版中，如果玩家将在满金市的神奇宝贝中心获得的蛋兑换券交给饲育屋老夫妇，他们会送给玩家不可思议的蛋，这颗蛋有可能孵化出皮丘、皮宝宝、宝宝丁、巴尔郎、迷唇娃、电击怪或小鸭嘴龙，并且有50%的可能性孵化出异色神奇宝贝；在英文水晶版中，饲育屋老夫妇会直接送给玩家不可思议的蛋，这颗蛋有14%的可能性孵化出异色神奇宝贝。
黄金市也有了很大的变化,神奇宝贝中心变成了多功能精灵中心(PCC)(就是可以用手机上网交换精灵的地方）
狃拉出现在了冰之通路。在金银版中，白银山之前是无法遇见它的。
部份训练家站立的位置做了调整。
关都地方的野生神奇宝贝分布稍许改动。
金先抓凤王40级zd 后抓洛奇亚70级 炎帝 水君 雷公可以在解放它们后随即在第一幅地图遇见（会逃跑）。
银先抓洛奇亚40级 后抓凤王70级 炎帝 水君 雷公可以在解放它们后随即在第一幅内地图遇见（会逃跑）。
钻石里面解放三圣兽后，可以在第一幅地容图道馆全打完后，直接去抓凤凰的地方抓水君（不会跑），但要在第一幅地图野外抓到另外的两个才可以去抓凤凰。
英文版的水晶可以抓雪拉比。
口袋妖怪金银里面，唯zhidao一不同的就是贴图和为数不多的固定口袋妖怪：如金版草地到处是绿毛虫，银版是独角虫，金版卡帝狗的捕捉地点在银版里是六位。其他东西没有任何区回别。硬要选的话，推荐金版，金版的贴图看着舒服些，也有第三选择就是去玩水晶版，也就是金银的加答强版，增加了剧情，可以选女性主角，口袋妖怪还有动画，还能抓到雪拉比。
口袋妖怪金、银区别是分别有限定精灵，水晶是金银的资料篇，综合了金版和银版，增加了剧情和新主角，水晶更好玩一些zd。
金限定精灵：猴怪、火爆猴、卡蒂狗、风速狗、线球、阿利多斯、天蝎、巨翅飞鱼、小小象、回盾甲。
银限定精灵：六尾、九尾、喵喵、猫老大、芭瓢虫、安瓢虫、信使鸟、盔甲鸟、熊宝宝、圈圈熊。
水晶无法捕获的精灵（可在金银版捕获）：猴怪、火爆猴、六尾、九尾、绵利羊、绵绵、电龙、麒麟奇、铁炮鱼、章鱼桶答。