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参数默认，不需要调。
如果你要深入去做这个比对，可以根据比对出来的情况对参数进行调整。
我认为和长度没有关系，当然别差得太多，否则建出来的树也不说明问题
你的这个问题我也很感兴趣，
我个人认为：
1 一致百性度因基因保守性不同“因人而异”，保守性高的基因一致性90%以上可算同源，保守性低的基因70%以上即可算同源；
2 比对长度应该根据目的基因本身大小回计算，其中不管哪一段对齐或一致性很高，都不能说明答同源性；
期待其他高手解答
比对的时候应该可以百不一样长，在后面进行距度离或系统树分析时gaps/missing data 一项可选择完全删除（版complete deletion）或比对删除（pairwise deletion）。 引物序列因是自己权设计的序列，应该删除。