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公元244年，续命之法效尽，赵云再度亡故。此后笙儿以伏羲琴之力消除众人对飞羽的记忆。来
朝云以盘古斧之力进入山海界，以求解救天女青儿。在山海界中，他将身体交由暮云的意识控制，自身陷入沉睡。在他进入山海界的同时，也将无法控制自身力量而弑亲的陆承轩一同带入。此时山海界中东皇钟也已转世为夏柔。天女之灵无法继续维系封印，天女封印力量衰退，山海界天气异变。因资源匮源乏，山海界进入战争状态。轩辕剑伍故事开始。皇甫暮云救出天女之魄，积极收集不灭之火意图以朱雀灵兽破除青龙灵兽的封印。陆承轩与夏柔相识，同去遗世之都接受继任青龙知圣者的测试。夏柔被选中为第三任青龙圣者，寻找失散的二十八颗星曜石。天女之魄青魅占据青龙圣者身体，完成魄灵合体。
分支1：星曜石收集齐全。朱雀灵兽复活，天女完全苏醒。因皇甫暮云的牺牲，天女自愿被再度封印。
分支2：星曜石收集不齐全，一场恶战后青魅被消灭，而皇甫暮云和陆承轩同归于尽，恢复为神器原形（按《天之痕》古月说法推测，普通结局为真结局）。轩辕剑伍故事结束。此为我们所存在的历史。夏柔将轩辕剑送回轩辕界（人间），但因两界间时间流动速度不一，此时轩道辕界已过百年，皇甫朝云与耶亚希灵体相会。
结局：为了替暮云完成心愿，焉逢决定前往山海界。耶亚希始终在海岸苦苦等待焉逢归来。一日终于看到一名自称青龙圣者的女子（即是轩辕剑伍中的夏柔）抱着轩辕剑自水面上走来，并告知耶亚希焉逢亡故的消息。
焉逢的灵魂化为灵体出现，而此时人间已经过数百寒暑，耶亚希的肉体也早已化为尘土，以焉逢曾给予的剑气维持原貌。焉逢知道后大为感动，与耶亚希含泪相拥，之后二人的灵体消散于天地间，故事结束。
扩展资料：
剧情简介——
本次故事以飞羽部队中的羽之部为主线。公元231年，汉丞相诸葛亮举行第四次北伐。特殊部队飞羽配合北伐，奇袭敌人魏国后方，遭遇同为特殊部队的魏国铜雀尊者。最终虽然打死敌将张郃，北伐仍失败。其后飞羽领导人让羽之部去寻找蜀汉名将的兵器和巫山瑶花。一行人途中在吴国境地接纳了孙尚香的义女耶亚希跟随出外“历练”。
后飞之部领导者端蒙企图行刺诸葛亮，被羽之部救出；领导人焉逢得知自己实为轩辕剑转e79fa5e98193e59b9ee7ad94365世。后来诸葛亮第五次北伐，飞羽随行，还于子午谷围困司马懿并打死铜雀尊者之首紫衣尊者（实为魏帝曹睿），汉军却再度陷入了缺粮危机。
死而复生的飞羽部队持国使赵云不满诸葛亮多次北伐，劳民伤财却没有成果，派焉逢等人去刺杀诸葛亮。却遇到铜雀尊者中的白衣尊者出现保护诸葛亮。此后飞羽都迷茫于队友的接二连三的变故中。焉逢最终再次带领羽之部前去刺杀诸葛亮。
与白衣尊者一番相持后，焉逢与白衣尊者决斗，亦认出对方为自己失散的弟弟---皇甫暮云，二人合体。此时诸葛亮也走完人生最后旅程。最后与紫衣的恋人，横艾的妹妹赤衣尊者决战。