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TV版的长篇：
011 钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件
052 雾天狗传说杀人事件
076 柯南VS怪盗基德
096 走投无路的名侦探百 连续两大杀人事件
118 浪花连续杀人事件
129 来自黑衣组织的女度子 大学教授杀人事件
162 飞天密室 工藤新一最初的事件
174 二十年的杀意 圣佛尼号连续杀人事件
184 诅咒的假面的冷笑
208 迷宫的入口知 巨大神像的愤怒
219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德
263 大阪双重谜团 浪花剑士和太阁之城
304 震动警视厅 1200万名人质
342 豪斯登堡的新娘
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案
356 怪盗道基德的惊异版空中步行
383甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔
425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间
449 本厅刑事恋爱物语 虚假的婚礼
452 金比罗剧院的权怪人
479 和服部平次在一起的3天
487 本厅刑事恋爱物语8 左手的无名指
488 电视台的恶魔
489 目击者是检察官
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决
515 怪盗KID的瞬间移动魔术
516 风林火山 迷宫的铠甲武士
521 杀人犯、工藤新一
522 新一的真面目与兰的眼泪
特别篇01-011钢琴奏鸣曲“月光“杀人事件 1小时特别篇
特别篇02-052雾天狗传说杀人事件 1小时特别篇
特别篇03-076柯南对怪盗基德 1小时特别篇
特别篇04-096走头无路的名侦7a686964616fe59b9ee7ad94335探！连续两大杀人事件 2小时特别篇
特别篇05-118浪花连续杀人事件 1小时特别篇
特别篇06-129来自黑暗组织的女子！大学教授杀人事件 2小时特别篇
特别篇07-162飞行中的密室！工藤新一首次事件 1小时特别篇
特别篇08-174第二十年的杀机！圣佛尼号连续杀人事件 2小时特别篇
特别篇09-184诅咒假面的冷笑 1小时特别篇
特别篇10-208朝向迷宫的入口！巨神像之怒 1小时特别篇
特别篇11-219名侦探的会集！新一vs怪盗KID 2小时特别篇
特别篇12-263大阪双谜！浪花剑士与太阁之城 2小时特别篇
特别篇13-304震动的警视厅！1200万人质 2小时特别篇
特别篇14-342豪斯登堡的新娘 1小时特别篇
特别篇15-345直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 2小时特别篇
特别篇16-356怪盗基德的惊异的空中步行 1小时特别篇
特别篇17-383甲子园的奇迹 绝不能输给看不见的恶魔 2小时特别篇
特别篇18-425Black impact ! 被组织的魔掌触碰的瞬间 2小时特别篇
特别篇19-449 本厅刑警的恋爱故事 虚假的婚礼 1小时特别篇
特别篇20-452 金刀比罗座的怪人 1小时特别篇
特别篇21-479 与服部平次在一起的3天 2小时特别篇
特别篇22-487 本厅刑警的恋爱故事8 左手无名指 1小时特别篇
特别篇23-488 电视台的恶魔 1小时特别篇
特别篇24-489 法庭的对决Ⅲ 目击者是检察官 1小时特别篇
特别篇25-490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决
515 怪盗KID的瞬间移动魔术★
516 风林火山 迷宫的铠甲武士★
521 杀人犯，工藤新一★
522 新一的真实身份与兰的眼泪★ 望采纳
您好，我是柯南吧知道团队的成员，很高兴能回答您的问题^_^
以下统计结果均为使用剧场版的首映日期，以及TV版在日本电视台的播放日期，不考虑数码重映与其他不计入柯南正式动画目录的动画（魔术快斗特别篇等）。如果有与剧场版公映为同一天播出的TV版，则收录当天播放那一集
M 1《引爆摩天楼》，1997年4月19日公映，TV版至e68a847a686964616f338TV 54《电玩公司杀人事件》（1997年4月14日播放）；
M 2《第十四个目标》，1998年4月18日公映，TV版至TV 97《离别美酒杀人事件》（1998年4月13日播放）；
M 3《世纪末的魔术师》，1999年4月17日公映，TV版至TV 140《SOS！步美传达的讯息》（1999年4月12日播放）；
M 4《瞳孔中的暗杀者》，2000年4月22日公映，TV版至TV 186《名侦探遇害记（后篇）》（2000年4月17日播放）；
M 5《通往天国的倒计时》，2001年4月21日公映，TV版至TV 230《神秘的乘客（前篇）》（2001年4月16日播放）；
M 6《贝克街的亡灵》，2002年4月20日公映，TV版至TV 274《幽灵屋的真相（前篇）》（2002年4月15日播放）；
M 7《迷宫的十字路口》，2003年4月19日公映，TV版至TV 315《阳光普照的地方》（2003年4月14日播放）；
M 8《银翼的魔术师》，2004年4月17日公映，TV版至TV 356《怪盗基德令人惊异的空中漫步》（2004年4月12日播放）；
M 9《水平线上的阴谋》，2005年4月9日公映，TV版至TV 393《疑似绑架案件》（2005年3月21日播放）；
M 10《侦探们的镇魂歌》，2006年4月15日公映，TV版至TV 434《名犬库儿的功劳》（2006年4月10日播放）；
M 11《绀碧之棺》，2007年4月21日公映，TV版至TV 469《怪盗基德与四幅名画（前篇）》（2007年4月16日播放）；
M 12《战栗的乐谱》，2008年4月19日公映，TV版至TV 501《红与黑的碰撞 嫌疑》（2008年4月14日播放）；
M 13《漆黑的追踪者》，2009年4月18日公映，TV版至TV 530《都市传说的真相（前篇）》（2009年4月18日播放）；
M 14《天空的遇难船》，2010年4月17日公映，TV版至TV 570《证实几率为零的犯罪》（2010年3月27日播放）；
M 15《沉默的15分钟》，2011年4月16日公映，TV版至TV 611《犬伏城 炎之魔犬（鬼火之章）》（2011年4月16日播放）；
M 16《第11个前锋》，2012年4月14日公映，TV版至TV 651《柯南VS平次 东西侦探推理对决》（2012年3月24日播放）；
M 17《绝海的侦探》，2013年4月20日公映，TV版至TV 694《消失老店的日式点心》（2013年4月20日播放）。
其实柯南剧场版都是原创的剧情，与TV版的剧情都是基本独立，没有很大关联的。即使少数（M 5、13）与主线剧情有关联，在剧场版片头的介绍中也都已经介绍了。
所以如果你问这个问题是为了剧场版的剧情能否与TV版剧情能够衔接，其实是大可不必的。本来二者剧情就基本没有很大的联系，独立观看是完全没有问题的。
而且将剧场版与TV版按照播放日期连起来观看，反而会将一部分TV动画的前后篇分裂开，弊大于利。
至今唯一一集与剧场版有明显关联的TV版是TV 694《消失老店的日式点心》，这集是M 17的联动集，是将其他年份中以DVD形式发售的“剧场版特典”作为TV正集在电视上播放了。
希望可以帮助你
主线剧情
001云霄飞车杀人事件（组织）
043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048~049外交官杀人事件(平次登场，第一次恢复)
054电玩公司杀人事件（组织）
057，058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
128黑衣组织10亿元抢劫事件
129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件（组织）
170，171暗阁中的死角（新出e79fa5e98193e78988e69d83364登场）
176，177，178与黑暗组织的再会（组织）
188－－193危命的复活（新一，兰）
226，227格斗游戏的陷阱（朱蒂登场）
230，231谜一样的乘客（赤井登场）
258，259来自芝加哥的男子（詹姆斯登场）
269，270犯罪的纪念品（有提到警察局关于毛利的案卷被偷一事）
271，272紧急隐藏的省略（朱蒂）
277，278英语教师VS关西侦探（朱蒂）
284~285中华街雨中的似曾相识
286，287，288工藤新一NY事件（不用多说了吧）
307，308无声的证据（组织相关，下一集的引子）
309，310，311与黑色组织的接触（组织）
335，336东都显影所的秘密（有神秘人）
338，339 4辆保时捷（朱蒂和贝尔摩德假扮的新出发现哀）
340，341隐藏在厕所里的秘密（更多关于哀父母的消息，找到明美藏起来的录音带）
343，344便利店的陷阱（最后一段是小兰发现朱蒂藏的照片，怀疑朱蒂）
345与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案（不多说了）
346，347寻找P股上的印记（上集案件的扫尾，关于哀拒绝证人保护计划的事）
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不xx音
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间(水无怜奈登场，小五郎受到怀疑，若不是秀一就挂掉了)
429--430无法回到从前的两个人(本堂)
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
466 坚不可摧的雪人（前篇）
467 坚不可摧的雪人（后篇）
484 黑色照片的行踪（前篇）
485 黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 扰乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
507 卡拉OK房间的死角（前篇）
508 卡拉OK房间的死角（后篇）
其中正面交锋的是
001云霄飞车杀人事件（组织
054电玩公司杀人事件（组织）
128黑衣组织10亿元抢劫事件
129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件（组织）
176，177，178与黑暗组织的再会（组织）
309，310，311与黑色组织的接触（组织）
345与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案（不多说了）
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间(水无怜奈登场，小五郎受到怀疑，若不是秀一就挂掉了)
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 扰乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职