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“我想把所有的魔女在诞生之前消灭，所有的宇宙，过去和未来所有的魔女，由我亲手！…神也好，什么都好，至今为止和魔女战斗过的大家，相信过希望的魔法少女们，我不想让她们哭泣，希望她们到最后都保持笑容，而妨碍这些的规则，就让我来破坏，来改变，这就是我的祈祷，我的愿望，来，实现吧，incubator！”这是鹿目圆最后一集的台词。
你可以从鹿目圆的这个心愿里推测一下，大致就是魔法少女们虽然一开始相信希望但到最后都会绝望……被我这么一解释感觉怎么表达不出那种郁郁感了呢大概是我表达能力有问题。
既然讲不出郁闷在哪，那我只好干脆剧透了，非常严重的剧透哦：魔法少女们要和魔女战斗。巴麻美被魔女咬掉头，死了；发现魔法少女们的灵魂都被抽取身体其实早已死亡的事实，再加上付出巨大代价拯救的喜欢的人和别人在一起了，沙耶加绝望黑化，变成了魔女；自此，魔法少女最后都会变成魔女，她们原来只是在和自己的未来作战的事实也被揭露；佐仓杏子为了父亲许愿，但最后父亲带着她母亲和她妹妹自杀了，她想要拯救与自己相似的沙耶加，不成，殉道死了；晓美焰为了鹿目圆不断扭7a686964616fe4b893e5b19e337转时间，但是始终无法拯救鹿目圆，还和鹿目圆越离越远；魔女之夜到来，从qb口中了解到古往今来魔法少女们的故事的鹿目圆，抱着对世人的大爱和慈悲许了那个愿望，然后自身的形体消失，成了固定在宇宙中的一个概念，除了能穿越时空的晓美焰之外没有一个人记得她。
讲是讲不清楚的啊，就算我把我认为致郁的点都告诉你，你自己看和看我说的感触还是不一样的。当然，如果你怕的只是没了胳膊没了腿的死法，那其实没关系的，就连麻美掉头都没有太过明显的画出来，所以说血腥是基本没有的，致郁的点都在精神层面。
这会不会被骂剧透啊 总之怕剧透的请无视
晓美炎在变成魔女时被QB封印在一个没有圆环之理的地方百，圆神无法把小炎接走，然后小炎变成魔女展开了魔女结界。一开始她并不知道魔女结界是她自己展开的，以为是贝贝（夏洛特）展开的，然后和学姐大战一度场后发现了奇怪，在寻找了红毛后，才知道她自己已经变成了魔女（因为在新世界中学姐和红毛本来应该没有圆神的记忆，因为小圆成神后，存在消失，知只有小炎记得，魔女记得，所以才跟学姐和红毛灌输了关于小圆的记忆），然后小炎得知QB想要控制圆神（圆环之理），小圆进入她道结界后遗失了记忆，于是她想变成魔女阻止，但蓝毛和贝贝出现阻止了，小炎与她们大战一场后，结界破碎。于是圆神想把她接入天界，但是小炎把小圆的人类部分抽离出来，变成了炎魔（神），重新再专创造一个世界后让小圆遗失记忆变成人类在那里生活，然后消除了五色战队及贝贝等人这些记忆，接着灭掉了QB一族，就剩一只。
花田那段是个重点：小炎得知其实小圆不想成神，比起成神保属护大家更想作为普通人跟亲人朋友生活，所以让她作为人类生活。
黑长直原本是个身7a686964616fe58685e5aeb9334体虚弱内心脆弱的学生，转校之后差点因为内心的懦弱而被魔女引诱自杀，在魔女的结界中救下她的是小圆脸和学姐，然后她第一次知道了魔法少女和QB的存在。
在第一次轮回之中，小圆脸最后战斗至死，黑长直为自己的无力而后悔，这时候QB引诱黑长直与其定下契约，于是黑长直许下愿望希望再一次与小圆脸相遇，为了不让小圆脸在魔女之夜中死亡。于是黑长直逆转了时间，回到了一个月前。
可是第二次轮回黑长直却眼睁睁看着小圆脸的灵魂之石变成悲哀之种，成为了魔女，仍旧无法拯救小圆脸的黑长直，因为愿望无法达成而再次逆转了时间，来到第三次轮回。
这回黑长直本想告诉大家QB和魔女的事，却没有得到大家的信任，第三次悲剧后小圆脸恳求黑长直拯救那个还没变成魔法少女的自己，并让黑长直杀了自己。
第四次轮回，其实就是动画一开始小圆脸的梦，黑长直到处击杀QB，却仍旧无法一个人打败魔女之夜，导致小圆脸又成为了魔女。
第五次轮回，也就是动画本篇，在第十话比较清楚地讲述了黑长直的轮回。
最终话，小圆脸知道了所有的过去，因为在第五次轮回中以旁观者的角度体验了魔法少女的悲哀，于是许下了将所有的魔女抹杀在诞生之前的愿望。也就是说在灵魂之石的力量耗尽之时，魔法少女不会变成魔女，而是直接被小圆脸接到与自己同一次元，创造了新的世界。同时小圆脸承受了必须打败所有魔女的诅咒，在新的世界除了拥有时间逆转能力的黑长直，再没有人记得小圆脸。
而在最终话最末位，黑长直的背后长出翅膀的时候她的灵魂之石也快要耗尽了，那时候她听到了小圆脸的声音，表明她们马上就要见面了~