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故事呢要从1962年说起，美国国防部和其下属高级计划署（DRAPA）秘密成立了一支特殊部队，名为“黑色守望”（Blackwatch）；其成立初衷是使用生化战抵御美国的一切威胁以及海外敌对势力，该部队一切行动都属于绝密。1963年，黑色守望的研究人员发现了一种病毒，在灵长类动物身上进行的实验表明，通过DNA的融合，该病毒可以在基因层面上大大提高物种的智力、力量等等身体要素，他们将该病毒命名为DX-1118。随后，以该病毒为中心的“黑光”（Blacklight）计划展开。1964年，黑光计划正式开始，黑色守望部队在美国爱达荷州建立了一座小镇，名为“希望”（HOPE），并将一批阵亡士兵的家属迁居此地。他们谎称该处是用于模拟核战之后人类聚居区的实验场地，而被蒙在鼓里的军属们却对真正的计划一无所知。黑色守望对居民注射了病毒，此时的病毒似乎对感染人群没有起到丝毫作用。1965年，希望镇上的第一名婴儿出生，其父母身上被注射的病毒在婴儿体内产生的变异对婴儿本身似乎也没有影响。然而一切的平静都在1968年8月被打破了，希望镇突然爆发疾病，黑色守望随即将全镇封锁，将近70%的居民被感染，剩下的人则被隔离在镇内等死。将近一年人间地狱般的日子过去，到了1969年7月，除一人以外，希望镇上四百多名居民全部死亡。唯一的生还者名为Elizabeth Greene（即游戏中的紧身衣马尾女），而她在被发现时已经怀有身孕。黑色守望的清除行动随即开始，他们将Elizabeth Greene带走，并用核弹将整个希望镇夷为平地。当时负责清除行动的是Peter Randall中尉（即游戏中的独臂将军），他在强行带走Elizabeth Greene的时候被她抓伤了手臂，Randall为制止感染，毫不犹豫自断左臂（这就是他独臂的原因），而且他还因为湮灭证据有功而晋升为少校，并在后来成为将军，成为了黑色守望的最高指挥官。希望镇事件发生之后，黑光计划停止，黑色守望部队的最高宗旨被更改为“探查并消灭美国国土上的一切未知病毒活动，不论人为或自然原因”。
Elizabeth Greene在次月被转往位于马里兰州迪崔克堡的黑色守望基地，并在那里产下一名男婴，黑色守望赋予其代号PARIAH，并将其从母亲身边带走（此孩子的命运e69da5e887aa7a686964616f364暂且按下不表）。Greene在随后几十年中属于与外界完全隔离的情况。有证据显示，她在此期间没有成长发育，没有流汗，没有肌肉抽搐，甚至没有眨眼，处于完全静止的状态，好像在等待着什么。
时间到了1989年，Raymond McMullen博士（即游戏中用枪自杀的眼镜男）创立了GENTEC，并成为了黑色守望的下属研究机构，他认为黑色守望短视，认不清DX-1118病毒的价值，于是重启黑光计划，并将Elizabeth Greene转至GENTEC的研究中心，从她身上研究病毒的新进化品种。并在后来招募了“主角”Alex Mercer，以及后来成为Alex女友的Karen Parker（即游戏中的金发OL）。之后，黑色守望发现GENTEC重启了禁忌的实验，意图弹压，此时的Alex Mercer为了一己私欲，在Karen Parker的协助下窃取了一小瓶病毒样本并逃离，却在车站遭遇了前来拦截的黑色守望便衣特工。走投无路的Alex Mercer摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。由于是在车站，当时就有许多市民被感染，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。接下来就是游戏中发生的剧情了，我呢就不多罗嗦，只给各位看官说说自己发现的一些东西。Alex Mercer在车站被射杀的时候就已经身亡，接下来在停尸房醒过来的，大家一直在游戏中操控的东西根本不属于人类，它是破碎瓶中的病毒沾上Alex尸体之后对其外形及性格的模拟，游戏标题“原型体”也指的是他。至于前文提到Elizabeth Greene等待的东西，即是“原型体”对她的释放，而Greene的台词"I am your mother"并不是指“原型体”是她生下的那个婴儿，而是指原型体病毒来源于她。
（此详细剧情，摘自“游民星空”，后为隐藏剧情篇）
隐藏剧情：做完所有军人记忆吸取的支线之后会有提示，前去激活的就是隐藏任务。大概剧情就是，Karen Parker在Alex身亡之后随即被黑色守望羁押，在经过了威逼利诱和刑讯逼供之后她仍然拒绝合作。直到在游戏剧情中Karen发现现在的Alex Mercer已经不再是人类，不再是他的前男友，此时的Karen Parker为了活命而不得不配合黑色守望对付“原型体”，原型体在吸取黑色守望成员记忆之后发觉了事情真相，于是找上了Karen……
至于黑色守望军官Robert Cross（即游戏中的电棒男）的真实身份，细胞记忆和官方PDF都很模棱两可。我做一些个人自己的推断：
第一，他绝对不可能是那名代号PARIAH的男婴，细胞记忆中说男婴长到五岁之后就被黑色守望转换了安置地点，现在属于最高机密（估计是给续作留后路的）
第二，他是如何变成SUPREME HUNTER的？这个问题GS的论坛上也众说纷纭，我猜测有如下两种个可能。1，细胞记忆中提到，在车站病毒泄漏之后，不少人被感染，大部分人在感染之后会变成Walker（即游戏中的僵尸类杂兵），但极少数人会和原型体一样成为Runner（即主角这样的生物），有一名女性Runner逃脱了封锁，一直逃到了亚利桑那州的一处小镇上。Cross带队前去从地图上抹掉了该小镇，并亲手杀死了Runner（也许是Runner吸收了他？），这是一种推断。2，与主角第一次在感染巢中决斗时被感染。总之，当他给主角打匿名电话的时候，它已经不是Cross了。
GENTEC的研究也不是毫无成果，他们从Elizabeth Greene身上制造出了新变种病毒，将其命名为DX-1120。黑色守望的超级士兵（游戏中的大块头）就是注射制定剂量之后的产物。
启动修改器，启动游戏，按F1激活修改器，按数字键1就无限生命（只能按数字键啊）
故事要从1962年说起，美国国防部和其下属高级计划署（DRAPA）秘密成立了一支特殊部队，名为“黑色守望”（Blackwatch）；其成立初衷是使用生化战抵御美国的一切威胁以及海外敌对势力，该部队一切行动都属于绝密。1963年，黑色守望的研究人员发现了一种病毒，在灵长类动物身上进行的实验表明，通过DNA的融合，该病毒可以在基因层面上大大提高物种的智力、力量等等身体要素，他们将该病毒命名为DX-1118。随后，以该病毒为中心的“黑光”（Blacklight）计划展开。1964 1964年，黑光计划正式开始，黑色守望部队在美国爱达荷州建立了一座小镇，名为“希望”。（HOPE），并将一批阵亡士兵的家属迁居此地。他们谎称该处是用于模拟核战之后人类聚居区的实验场地，而被蒙在鼓里的军属们却对真正的计划一无所知。黑色守望对居民注射了病毒，此时的病毒似乎对感染人群没有起到丝毫作用。1965年，希望镇上的第一名婴儿出生，其父母身上被注射的病毒在婴儿体内产生的变异对婴儿本身似乎也没有影响。然而一切的平静都在1968年8月被打破了，希望镇突然爆发疾病，黑色守望随即将全镇封锁，将近70%的居民被感染，剩下的人则被隔离在镇内等死。将近一年人间地狱般的日子过去，到了1969年7月，除一人以外，希望镇上四百多名居民全部死亡。唯一的生还者名为Elizabeth Greene（伊丽莎白·格林，即游戏中的紧身衣马尾女），而她在被发现时已经怀有身孕。
黑色守望的清除行动随即开始，他们将Elizabeth Greene带走，并用核弹将整个希望镇夷为平地。当时负责清除行动的是Peter Randall中尉（彼得·兰德尔，即游戏中的独臂将军），他在强行带走Elizabeth Greene的时候被她抓伤了手臂，Randall为制止感染，毫不犹豫自断左臂（这就是他独臂的原因），而且他还因为湮灭证据有功而晋升为少校，并在后来成为将军，成为了黑色守望的最高指挥官（似乎和最后的superme hunter有联系）。希望镇事件发生之后，黑光计划停止，黑色守望部队的最高宗旨被更改为“探查并消灭美国国土上的一切未知病毒活动，不论人为或自然原因”。
Elizabeth Greene在次月被转往位于马里兰州迪崔克堡的黑色守望基地，并在那里产下一名男婴，黑色守望赋予其代号PARIAH（意为“贱民”，网上有人认为是Randall，但绝对不是），并将其从母亲身边带走（此孩子的命运暂且按下不表）。Greene在随后几十年中属于与外界完全隔离的情况。有e799bee5baa6e59b9ee7ad94333证据显示，她在此期间没有成长发育，没有流汗，没有肌肉抽搐，甚至没有眨眼，处于完全静止的状态，好像在等待着什么。1989 时间到了1989年，Raymond McMullen博士（雷蒙德·麦克马伦即游戏中用枪自杀的眼镜男）创立了GENTEC，并成为了黑色守望的下属研究机构，他认为黑色守望短视，认不清DX-1118病毒的价值，于是重启黑光计划，并将Elizabeth Greene转至GENTEC的研究中心，从她身上研究病毒的新进化品种。并在后来招募了“主角”Alex Mercer，以及后来成为Alex女友的Karen Parker（卡伦·帕克，即游戏中的金发OL）。之后，黑色守望发现GENTEC重启了禁忌的实验，意图弹压，此时的Alex Mercer为了将这个对人类危害极大的秘密计划大白于天下，在Karen Parker的协助下窃取了一小瓶病毒样本并逃离，却在车站遭遇了前来拦截的黑色守望便衣特工。走投无路的Alex Mercer摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。由于是在车站，当时就有许多市民被感染，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。
Alex Mercer在车站被射杀的时候就已经身亡，接下来在停尸房醒过来的，大家一直在游戏中操控的东西根本不属于人类，它是破碎瓶中的病毒沾上Alex尸体之后对其外形及性格的继承，游戏标题“原型体”也指的是他。在游戏的某关，也可以听到将军的话：“不！已经不能用'他'来称呼！应该是'它'！”后来的电话中，也可以看到Alex和他的“合作者”的对话：“啊…你已经不是人类了，你是黑色守望者的病毒而已。”
至于前文提到Elizabeth Greene等待的东西，即是“原型体”对她的释放，而Greene的台词"I am your mother"并不是指“原型体”是她生下的那个婴儿，而是指原型体病毒来源于她。
游戏越发展下去，游戏的内涵也就越明了：人类对于自己犯的错误只是掩盖再掩盖，实在掩盖不住了，就不惜代价毁掉。而刚刚出生18天的病毒“Alex”却知道要保护某些东西：保护自己的“妹妹”，保护人类文明不被毁灭（游戏最后，曼哈顿就要被军方用核弹毁灭掉），不在重踏希望镇的悲剧。这些，不得不佩服剧情的编辑者。