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James Heller是一名普通的特种士兵，他原本拥有一个幸福的家庭，然而这一切都在纽约市的病毒传播事件中被毁灭殆尽。几乎失去了一切的James。在一次小队行动中遇到了前代主角Alex mercer，小队的成员几乎全灭，Alex在唯一幸存的James身上注入了跟自己体内一模一样的病毒，使得James具有了与Alex不相上下的超能力。 游戏界面[9]
当James再度醒来时，他发现自己已经变成了军方的重要试验品，上级想把他作为样品以研究Alex的超能力，困惑不解的James击败了军方放出的变异体并逃出了实验室。在路上他再次遇到了Alex，Alex告诉他迄今为止的所有事件全都是一支名为黑色守望的军事组织在从中作梗，Alex希望James能帮助自己一起对抗他们。然而James对Alex半信半疑，随后，自己的情报人古拉神父也证实了Alex的话，James开始利用自己的超能力一步步调查黑色守望和整个事件的真相。
随着调查的不断深入，James发现Alex的嫌疑越来越大，在吸收了一个名为科尼博士的变异体之后，James终于确定Alex才是病毒事件的真凶，Alex的真正目的，是创造和自己一样的变异人类，把他们训练为自己统治整座城市的得力部下！得知自己差点上当受骗的James怒不可遏，发誓要摧毁Alex的阴谋。
然而此时的Alex也发现了James的态度转变，并抢先一步杀害了James的重要同伴古拉神父，正当James悲痛不已的时候，他突然接到了一个陌生女子的电话，这个女人正是Alex的妹妹Dana，Dana愿意帮助James提供情报，她告诉James其实他的女儿并没有死，而是落到了黑色守望的手里，具体藏匿的地点和下落需要James自己去调查。为了自己的女儿，James重新振作了起来。
由于事态的不断恶化，黑色守望决定启动“火鹰计划”摧毁整个纽约市，以杀死150万平民的代价制止病毒的继续蔓延。一想到自己的女儿仍然被关在这个城市的某一个角落，James竭尽全力阻止了军方企图摧毁纽约的计划，保证了整个城市和自己女儿的安全。
为了救出女儿，James化身为一位名为莱利的中尉，从黑色守望的重要指挥官鲁克斯那里获取到了各种关于女儿的情报，就在James认为鲁克斯已经构成阻碍打算把他灭口的时候，在一次无意中听到的谈话中，James发现鲁克斯跟自己一样是一位有妻有女的父亲，心软的James因此放了鲁克斯一马。后来鲁克斯认为“莱利”玩忽职守，把装扮成莱利的James叫来训话，James露出真身。鲁克斯虽然对James的所作所为十分恼怒，一番挣扎后，还是决定将James的女儿偷偷地交还给他。然而就在这时Alex的部下突然闯进来将James的女儿再次劫走，Alex以此为要挟，约James在一处摩天大楼的直升机起降平台上见面。
在天台上，James见到了几近疯狂的Alex，Alex吸收了自己所有的部下，使自己的身体达到了极限状态，而James毫无惧色，一次又一次击退了Alex的攻击，最终，James斩断了Alex的双臂，并将他完全吸收。继承了Alex所有记忆的James释放出了惊人的力量，他的体内爆发出了无数触须，细长的触须在大街小巷四处延伸，几乎摧毁了城市里所有的变异体。
在游戏结尾，James将女儿拜托给Dana照顾，自己则准备独自离开，他不想让女儿看到近乎怪物的自己。然而在James临走时，女儿从背后一把抱住了他。最终，James牵着女儿的手，和Dana一起眺望远方的朝阳，Dana问他以后该怎么做，James没有回答她，毫无疑问，自己和女儿，今后还有很长一段路要走。[10]
支线任务
在游戏中，较前作新增加了支线的收集任务和“黑网记忆”，收集品在地图上会以白色波纹的波动来显示，玩家可通过白色波纹每次显现的位置来确定收集品的位置所在并加以收集。而“黑网记忆”则会以金色五角星显示。每个地区的支线任务和收集品完成后都会给予玩家一e79fa5e98193e58685e5aeb9361定的EP奖励和能力突变来强大玩家的自身力量。
直接百度虐原型2看百科里就好了嘛
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游戏的主角Alex Mercer因被自己带出来的病毒感染，从停尸间醒来之后发现完全不百知道之前做了些什么，然而突变的同时也度获得了超乎常人的强大能力。
当主角杀死路人或敌人时便可以吸收他们的记忆、能力，甚至能知变成他们的样子。道随着吸收被杀死敌人以及专路人的数量不断增加，主人公Mercer的能力也会随之逐渐增强。
最终将能够学会诸如将自己的身体变化成武器攻击或是硬化身体表面皮肤以抵御敌人进攻等神属奇的能力。
背景是纽约的侵入病毒事件。