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1、凤王（红宝石限定，蓝宝石捕获洛奇亚）：二周目，在海紫堇潜水下去，找到Scanner
前往凯那市的造船厂，将Scanner交给Captain Stern，他会给你Clear Bell。
再回到海紫堇的甲板上，Clear Bell会响起。
50级风王出现
2、拉帝欧斯（红包是限定）：和大吾一起骑着拉迪亚斯前往小岛上，打败火岩队后主动跟着你（详见口袋妖怪红蓝宝石复刻版一周目剧情图文攻略）
3、裂空坐：二周目剧情，在天空之柱顶层，曼珠召唤出来后，由主角捕获
4、代欧奇希斯：二周目收服裂空坐后，乘坐裂空坐飞向太空，撞碎流星群，代欧奇希斯出现
如果不小心打死了……去打一遍四天王再回到天空之柱顶，可以再次遇到
5、固拉多：一周目剧情，在琉璃市的觉醒祠堂，（详见口袋妖怪红蓝宝石复刻版一周目剧情图文攻略）
6、席多蓝恩：在捕获固拉多之后，天旱焦岩地下三层可以捕获。
在地下一层的时候和红发少年对话
然后一直往下，到最深处
触摸这个圈，随后席多蓝恩出现，50级
7、圣剑士：代拉基翁、勾帕路翁、毕力吉翁：携带风王，骑着拉帝欧斯，在Pathless Plain看到闪光下降
队伍中需携带三只或以上努力值满的小精灵
触摸这个圈，随后代拉基翁出现，50级
同样的方法，隔天可以抓到勾帕路翁和毕力吉翁
8、雷公、水君和炎帝：携带风王骑着拉帝欧斯，在Trackless forest看到闪光处下降
往前走，看到这个圈，触摸，随后雷公出现，50级
隔天同样的情况可以捉到水君和炎帝
9、红圣菇：身上携带三只或以上亲密度满的小精灵
乘坐拉帝欧斯，看到闪光的岛nameless cave，下降，进入这个洞，同样情况，去触摸蓝洞后，红圣菇出现，50级
三圣菇特定时间段：
红圣菇中午，蓝圣菇晚上，黄圣菇貌似是早上。
10、龙卷云（红宝石限定，蓝宝石同样方法获得雷电云）：
携带漂浮泡泡（完成天气研究所剧情后，二楼带帽叔叔赠送），乘坐拉迪欧斯在茵郁市附近看到一大块黑云，钻进去就能遇到龙卷云，50级
11. 雷吉洛克：
首先保证队伍首位是古空棘鱼，最后一位是吼鲸王。先要去134水路颜色深得地方潜水下去。
沿着海底小路游到一个石碑面前，上面的符文写着“在这里上浮”。
使用潜水技能上去，就可以进入布告石室Sealed Chamber，里面有很多石碑，上面都写着符文，一直走到墙壁的符文前，上面写着“在此挖洞”，在那里使用挖洞技能Dig，就可以进入另一件石室。
里面有六个石碑，按照“左上，右上，左中，右中，左下，右下”的顺序读石碑上的文字，最后走到底的墙壁上阅读墙壁上的文字，会发生地震，并提示你远方的某些入口门被打开。
随后前往沙漠遗迹可以抓到雷吉洛克，进入后在有符文的墙壁前“右7a686964616fe78988e69d83339，右，下，下”后（建议用上下键），然后使用怪力技能，墙上会出现个洞
进入后，雷吉洛克出现，40级
前往小岛横穴可以抓到雷吉亚斯，前往古代坟墓可以抓雷吉斯齐鲁。
封面神不同，所以说复剧情抓的神兽也不同，二三周目之后抓的神兽也略有不制同，还有一些版本限定精灵，不过现在都有gts，想要的精灵都可以换过来 α蓝宝石：封面神海皇牙，洛基百亚，帝牙卢卡，雷电云，捷克罗姆，还有月石，饭匙蛇 Ω红宝石：封面神古拉。度
如果是正版，这些版本百限定的口袋妖怪只能通过传送和交换获得，没有其他获得的方式，当然如果交换你必然是要放上别人认为与所交换的口袋妖怪度等值或者更好的口袋妖怪，比如隐藏特性啊、闪光啊或者更稀有之类的，这样才可以让别人心甘情愿的交换，不回用怕别人不交换的，有些人并不喜欢神兽，因为他们有各种限制答，你尽管拿你觉得比较好的去交换。不然的话你就只能再买一个另一个版本的游戏传送了............