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孤岛危机1：装备了可以使使用者获得超人般的战斗能力的纳米服的主角所在的一队美国特种部队被派往太平洋的一个小岛上执行营救被朝鲜copy军队劫持的考古学家队伍，意外发现岛上存在着技术先进且对地球人持有敌意的大批外星人军队，人类与外星人在小岛一番鏖战后人类与外星人军两败俱伤，以主角一行人继续清百除外星人残余结束。（资料片孤岛危机：弹头解释了游戏时间中一名队友的同时经历）
孤岛危机2：1代3年后前作特种部队队长等人发现纽约出度现了能使人类感染绝症、意图侵略纽约市的外星人变体，在身患此症的最后时刻拯救并将自己的纳米服给予了一个海军陆战队员，最后由这知个海军陆战队员成功消灭纽约市的所有外星人，并在获得地球上其他外星人的驻扎点的信息后前往全球各地消灭外星人
孤岛危机3：2代24年后原纳米道服的开发公司利用纽约市被剿灭的外星人留下的残余建立起了以此获得能量的工业并成为了事实上的军事政府，2代中主角回到发生巨变的纽约”复仇“
大概如此
《孤岛危机3》故事发生在上作《孤岛危机2》之后，纽约已经包裹在Nanodome当中的城市，成为热带雨林，长满树木，茂密的沼泽地和湍急的河流；
其中分成为七个不同的和变化莫测的环境，《孤岛危机2》当中的先知，研发出一个致命的复合弓箭，增强的纳米服和毁灭性的外来高科技，成为这个星球上最致命的猎人。
纽约树立起了巨大的保护屏障来保护城市，政府宣传的目的是为了保护人类不受外星人的影响和袭击，实际上这个保护屏障的背后是CELL企图用武器和科技征服世界的野心。
因此二代中继承了先知名字和意志的主人公——本名阿兹卡特的陆战队成员跟随前暴龙小队成员
扩展资料：
孤岛危机3特色系统：
多人模式：
多人模式分为两个模式：猎人模式和撞击点模式（Crash-Site mode）。游戏在主机和PC上的人数上限分别是12和16。主机版和PC版都允许玩家们自定义他们的装备。主要武器有17种，每种都有自己的配件，人物一共最高50级，50级之后可以转生，美名其曰“重启生化服”
猎杀者模式：
猎杀者多人模式下玩家可以选择身穿纳米服的并且可以隐身的超e79fa5e98193e4b893e5b19e331级战士，亦或是没有纳米服的普通战士，但是前者只能选择肉搏性的武器，比如弓箭等等，而后者则有更多枪械可供选择。
二代先知救了个叫阿卡特兹的士兵，把生化装给他，百阿卡特兹就是二代的主角，你操作他通关，二代游戏结尾CG，阿卡度特兹说“我就是先知”，阿卡特兹了解了生化装记录下原来先知的意识后，继承了先知未完成的事业。 三代前几关就有暗示，先是主角能直接使用外星武器，后面又发生了主角意识和外星人版士兵短暂的通连，对白也有暗示，一种说生化装正在吞噬你权，意旨阿卡特兹正在和生化装融合，所以后面发生的事很好理解。
这个所谓更大的环境指的是2047年的“自由百顶”，一个高科技禁区，类似于未来版的中心公园。它由CELL组织建造，整个曼哈度顿都囊括在这座建筑之中。它是正式被用来问免受狼狈不堪的Ceph残余兵力的侵扰，这些外星侵略者本应在《孤岛危机2》结束时被完全消灭的。在《孤岛危机3》开答始时，过去20年一直在监狱里待着的普费，踏破牢笼，径返城里进行调查。等他回来到这里时发现，Ceph正在集结兵力，势在卷土重答来，而CELL仍在干预人类的未来。