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一切的一切明了了，蛇叔不再恨他老爸，最后BIGBOSS靠在THEBOSS的墓碑上吸了最后一口烟……桑尼，电脑天才，毁掉AI的病毒就是她弄出来的，是合金装备2
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故事发生在苏美冷战时期，本游戏分为“贞洁行动（Virtuous Mission）”与“食蛇者行动（Operation: Snake Eater）”两个部分。前者即为游戏的序幕部分，是让玩家熟悉本作操作与环境的部分。 01 内克德·斯内克（Naked Snake、ネイキッド・スネーク）
配音演员（日）：大冢明夫；（英）: David Hayter
代 号：Naked Snake
姓 名：John
昵 称: Jack
性 别：男
年 龄：30
国 籍：美国
诞生日：未知
出生地：未知
本作品的主角。是The Boss最后的弟子，他从The Boss那里学到了所有的战斗技术，不但敬重The Boss，也深深的爱着她。内克德‧斯内克真名叫约翰(John)，“裸蛇”是其在虚拟实战代号“食蛇者行动”中使用的代号。在游戏的结尾，他被授予“THE BOSS”的称号，在未来的游戏时代中他将成为”BIG BOSS”。他，拥有比拥有一切力量的人更加顽强的战斗作风。是一个固执但高度独立的英雄。狐狸部队（FOX-- Force Operations X）是内克德‧斯内克所隶属的特别行动小组，在20世纪末将会成为只身潜入与破坏行动为特色的特种部队──猎狐犬（FOX-HOUND），是后来内克德‧斯内克的克隆体索利德·斯内克（Solid Snake）的所在部队。
02 汤姆少校（ゼロ少佐、トム少佐；Major Tom、Major Zero）
配音演员（日）：银河万丈；（英）：Jim Piddock
代 号：Major Tom
姓 名：David Oh
性 别：男
年 龄：55
国 籍：英国
诞生日：1909年12月8日
出生地：埃克塞特
Snake的顶头上司，FOX Unit的负责人，对于007电影有莫名的执著。真实的名字是大卫·奥，在狐狸部队，他已认识总指挥-零。他曾在虚拟实战任务中提到过诸如总指挥汤姆（Major Tom）的相关事情，但是他的代号，是在此次事件中才开始使用的。其作用是利用无线电传输在执行任务中提供情报。他从属于NSA（美国国家安全局），同时也是狐狸部队的指挥官。他是英国人，宛若地道的英国绅士。50多年来一直单身未婚。在冷战时期，为了收集情报，他建立了机密特别行动小组──FOX。
03 帕拉·梅迪奇（Para-Medic、パラメディック）
配音演员（日）：桑岛法子；（英）：Heather Halley
代 号：Paramedic
姓 名：未知
性 别：女
年 龄：20
国 籍：美国
诞生日：1936年6月22日
出生地：未知
在“贞洁行动”与“食蛇者行动”中，担任Snake的医疗与野地求生顾问的护校新毕业生。在她的20年的生涯中曾离过婚。 她是FOX成员，有着如同母亲一样慈爱的面容。
04 情报先生（Mr. Sigint、シギント）
配音演员（日）：藤原启治；（英）：James C. Mathis III
代 号：Mr.Sigint
姓 名：未知
性 别：男
年 龄：20
国 籍：美国
诞生日：未知
出生地：未知
他将会是一个史密斯式的角色，21世纪年轻的非洲裔美国的男性（时间悖论）。 他是计算机狂人。食蛇者行动中任FOX成员，当Sigint经由无线电传输保存在Snake身上的定位系统中。 在相关历史或秘密武器解释而且在该如何处理特定的敌人上他会提供忠告。身为NSA（美国国家安全局）成员，他熟悉大多数的尖端电子侦察技术。在“食蛇者行动”中担任Snake的武器与装备顾问，后来成为DARPA的技官。Sigint真正的意思是Signal Intelligence。
05夏娃（EVA、タチアナ、ターニャ）
配音演员（日）：渡边美佐；（英）：Suzetta Miñet
代 号：Tatyana
姓 名：EVA
性 别：女
年 龄：20
国 籍：美国
诞生日：未知
出生地：未知
夏娃是一名间谍，也是Snake的支援e799bee5baa6e79fa5e98193e78988e69d83332力量。1960年与亚当（ADAM）一起逃亡到苏联。她渗透进克格勃（KGB、苏维埃国家安全局），取名正是苏库洛夫喜爱的名字泰亚娜。她总是想博得Snake的好感，然而却受到拒绝。Snake不知道她有双重身份，另一个身份是中国“哲人学校”训练的间谍。她利用苏库洛夫去支援Snake，她是前任NSA（美国国家安全局）的密码分析专家。这个美丽性感、金发碧眼的美女身为索科洛夫的助手同时也渗透入格勒乌（GRU）逐渐的她也成为了格勒乌指挥官沃尔金上校的情人，是一个像狐狸一样狡猾的女人！
06 耶格尼・波利所维奇・沃尔金（エヴゲニー・ボリソヴィッチ・ヴォルギン、Yevgeny Borisovitch Volgin）
配音演员（日）：内海贤二；（英）：Neil Ross
代 号：Thunderbolt
姓 名：Ephgeny Volgen
性 别：男
年 龄：50
国 籍：苏联
诞生日：未知
出生地：未知
苏联赫鲁晓夫内的主战派军官，格勒乌（GRU）首领，上校军衔，好战份子，在游戏中扮演反面角色。他的代号是Thunderbolt，擅长对人进行拷问以及用刑……凭借继承来的一笔神秘组织的资金（据说是他的父亲生前经营洗钱买卖所留下的遗产），他在Glasnigrad建立了一座巨大的基地，并吸收了THE BOSS的眼镜蛇部队以及Brezhnev（博列日涅夫）的军事派系，用以来寻求极端的政治。他是双性恋，爱着两个人，一个是他的下属伊万・莱德诺维奇・莱科夫（Ivan Raidenovitch Raikov），另一个就是夏娃（EVA）。作为敌方角色，他不但是战略总指挥，也是拳击冠军。
07 山猫（Ocelot、オセロット）
配音演员（日）：山崎たくみ；（英）：Joshua Keaton
代 号：Ocelot
姓 名：Adam
性 别：男
年 龄：未知
国 籍：苏联
诞生日：未知
出生地：未知
格勒乌（GRU）山猫小队（Ocelot Unit）指挥官，The Boss的儿子。军阶为少校，在沃尔金上校的叛乱中隶属指挥。也是于前两代中登场的左轮山猫（Revolver Ocelot）及4代中登场的液体山猫（Liquid Ocelot）。外表英俊，内心纯粹，行为洒脱。并且早已成为GRU青年近卫军的首领。他称自己是英雄之子而自居。起初在虚拟实战任务中Snake在他的下属面前羞辱了他，从此这就成了为什么他总是和Snake家族过不去的原因了。然而面对Snake他又总是以失败告终…
08伊万・莱德诺维奇・莱科夫（イワン・ライデノヴィッチ・ライコフ，Ivan Raidenovitch Raikov）
配音演员（日）：堀内贤雄；（英）：Charlie Schlatter
代 号：Raidenovich
姓 名：Ivan Raikov
性 别：未知
年 龄：20
国 籍：苏联
诞生日：未知
出生地：未知
作为GRU中尉，他是集团组织的骨干力量，也是沃尔金上校的情人之一。其他具体资料不明。角色造型纯粹在恶搞MGS2的雷电，除此之外与该角色毫无关系。
09 尼古拉斯・斯帕诺维奇・索科洛夫（ニコライ・ステパノヴィッチ・ソコロフ、Nicholas Sokolov）（配音演员（日）：龙田直树；（英）：Brian Cummings）
代 号：Director Sokolov
姓 名：Nicholas Sokolov
性 别：男
年 龄：50
国 籍：苏联
诞生日：未知
出生地：未知
苏联科学家，本作中核武兵器（Shagohod）的主要设计者，设计风格保持传统轮式坦克战车风格，因恐惧自己的发明，迫切希望离开苏联。逃到柏林墙以西寻求庇护，但是在古巴导弹危机中，被迫引渡回苏联。Snake 作为他的保护者，任务就是带他逃离核搭载步行战车计划设计组织和赫鲁晓夫的私人隶属部门克格勃（KGB、苏维埃国家安全局）的威胁。他身体修长瘦弱，似乎是紧张显得总是勉勉强强。
10 亚历山大・里昂诺维奇・戈兰宁（アレクサンドル・レオノヴィッチ・グラーニン、Aleksandr Leonovitch Granin）（配音演员（日）：青野武﹔（英）：Jim Ward）
代 号：Director Glanin
姓 名：Alexander Leonovich Glanin.
性 别：男
年 龄：60
国 籍：苏联
诞生日：未知
出生地：未知
他是另一位俄国科学家，是一个身材短小有很胖的人。作为Kosygin派系成员（Alexsei Kosygin--亚列克斯赛·柯锡金*1904-1980*，布里兹涅夫时代的苏联总理）他在Glasnigrad研究计划中充当顾问，并由GRU给予经费赞助。也是两位双足步行战车（即MGS1中登场的核武战车）设计者，其设计非常独到，当时索科洛夫设计的是传统的轮式战车，但戈兰宁就已经设计出了新一代两位双足步行的战车，足以看出其设计理念的超前。另外对于伏特加他有特别的偏好。然而，对于不明力量妄图将核子能源力量纳入他的双足步行战车使他非常之烦恼，因此他的设计最终没有被高层采纳，从游戏中与Snake的对话中可以看出其对高层的不满以及对索科洛夫设计的不屑。
11、强尼（Johnny）
代 号：Johnny
姓 名：Johnny Sasaki
性 别：男
年 龄：未知
国 籍：美国
诞生日：未知
出生地：美国
Johnny是SNAKE被捕入狱时的牢房守卫。他亲切平和，平易近人，以朋友的态度对待SNAKE。冷战开始之前，他居住于美国，拥有妻子与儿子的美好家庭。对于他的儿子（MGS1中相同名字的角色）也是看守索利德·斯内克（SOILD·SNAKE）的守卫。然而与他的父亲一样，他也成了与他父亲的比较对象。
12、林登·贝恩斯·约翰逊（リンドン・ベインズ・ジョンソン、Lyndon Baines Johnson）（配音演员（日）：中江真司；（英）：）
代 号：President Johnson
姓 名：Lyndon B. Johnson
性 别：男
年 龄：未知（1908~1973）
国 籍：美国
诞生日：1908年8月27日
出生地：德克萨斯
美国第36任总统，生于德克萨斯州，1948年当选参议员，1951年成为民主党议员领袖。1960年被提名为民主党总统候选人，竞选获胜。1963年11月12曰，肯尼迪遇刺身亡，约翰逊继任总统。继任后，他提出有关人权、减税、反穷困和资源保护的立法，得以批准。1964年竞选连任成功。他提出了建立“伟大社会”的口号，并出台了一些实际措施，也取得了某些成效。但他因袭前届政府的政策，并且扩大了印支战争。1965年，还派兵对多米尼加共和国进行了干预。特别是扩大印支战争，受到美国人民的强烈反对。约翰逊为了摆脱困境，不得不与印支方面进行谈判，以便结束战争。在他去世的第二天，越南停战协定在巴黎签字。游戏中在赫鲁晓夫在确认美国于核事件无关时，在游戏尾声出现……
13、尼基塔·谢尔盖耶维奇·赫鲁晓夫（ニキータ・セルゲーエヴィッチ・フルシチョフ，Nikita Sergeyevich Khrushchyov）（配音演员（日）：盐屋浩三；（英）：）
代 号：President Khruschev
姓 名：Хрущев Никита Сергеевич
性 别：男
年 龄：未知（1894~1971）
国 籍：苏联
诞生日：1894年4月17日
出生地：未知
原苏联领导人。 从1953年9月7日至1964年10月14日，任苏共中央第一书记，苏联国家最高领导人。 美苏核对抗，冷战期间的苏联主要领导人。第二次柏林危机，古巴导弹危机等事件的主要策划者。在苏共二十大上，赫鲁晓夫通过秘密报告的方式，揭露了斯大林在大清洗中的行为，引起震惊。 有人说他是“鲁莽的改革家”。他在古巴导弹危机期间和美国籍的肯尼迪总统处理秘密的协议。他利用前夕藉身为克格勃（KGB、苏维埃国家安全局）的间谍和他合作，作为KGB头号领导人，赫鲁晓夫在GRU的合作表现的极为亲密。在苏联Tselinoyarsk的核爆后，与美国约翰逊总统通过热线，委托沃尔金上校和The Boss的暗杀行动。 01、头领（The Boss、ザ・ボス，The Joy）（配音演员（日）：井上喜久子；（英）：Lori Alan）
代 号：THE BOSS
姓 名：未知
性 别：女
年 龄：37
国 籍：美国
诞生日：未知
出生地：英国
她服务于执行虚拟实战任务的FOX部队，她通过无线电传输在虚拟实战任务中给与SNAKE帮助。没有人知道她的真实身份，她是一位完美的战士，年近40依旧单身。作为山猫（Ocelot）的母亲，她曾在二战中率领其组建的眼镜蛇特种部队参加了诸如诺曼底登陆等重大战役，与英国特种空勤团（SAS）特种部队、美国绿色贝雷帽部队以及海豹特种部队战斗在战争最前线，而且在各国情报部门特种部队传奇性军人名单中榜上有名。如今她正在计划一只新的特别力量作战团体。THE BOSS是SNAKE的老师，也是他唯一深爱的人。在前往苏联执行任务期间，因沃尔金制造的核暴事件成为了美国与苏联谈判的牺牲品，最终死于徒弟Snake的枪下，享年37岁。
02、悲哀（The Sorrow、ザ・ソロー）（配音演员（日）：堀之纪；（英）：David A. Thomas）
代 号：The Sorrow
姓 名：未知
性 别：男
年 龄：未知
国 籍：未知
诞生日：未知
出生地：未知
眼镜蛇部队前役成员，已阵亡。他是THE BOSS的丈夫、山猫（Ocelot）的父亲。在战争中他牺牲自己的生命挽救THE BOSS于危难。他的尸体仍在 Cherno Yarsuki 的一座桥下长眠（“贞洁行动”中Snake被打落至桥底时看到的白骨就是他的遗体）。当他成为一个幽灵时，就永远伴随着THE BOSS战斗。他拥有哲学家的智慧以及思想。当他的内心受到战斗的影响时候，他是非常脆弱的。悲伤能使用他的精神力量分析敌人，而且能召唤死者为之战斗。是Snake在游戏中唯一一个不用攻击就能通过的BOSS。
03、痛苦（The Pain、ザ・ペイン）（配音演员（日）：江川央生；（英）：Gregg Berger）
代 号：THE PAIN
姓 名：未知
性 别：男
年 龄：未知
国 籍：未知
诞生日：未知
出生地：未知
眼镜蛇部队现役成员。 他有操纵大量马蜂的能力。他将女王蜂养殖在背包内，使用她的蜂音引导其他工蜂。他的身体也布满了马蜂。当它们被释放时，他将手里的蜂窝像手雷一样投掷出去。进入一群蜂群内会产生爆炸。痛苦在他的身体里培植毒性的“子弹马蜂”。 当他除去的面罩时，子弹马蜂从他的嘴里喷射出来。一只子弹马蜂，可以达到真实子弹的射击速度。
03、恐惧（The Fear、ザ・フィアー）（配音演员（日）：田中和实；（英）：Michael Bell）
代 号：THE FEAR
姓 名：未知
性 别：男
年 龄：未知
国 籍：未知
诞生日：未知
出生地：未知
眼镜蛇部队现役成员，手和腿比一个正常人长，而且他攀登树有很多如同蜘蛛行动的相同方式。他能从关节取出四肢而且向后弯曲它们。恐惧能快速地在树之间作高速移动，就像是蜘蛛化了的人类。他有一条如同两栖类生物一样的舌头（经过外科手术分岔）而且能用它抓取东西。
04、死亡（The End、ジ・エンド）（配音演员（日）：阪脩；（英）：Grant Albrecht）
代 号：THE END
姓 名：未知
性 别：男
年 龄：100
国 籍：未知
诞生日：未知
出生地：未知
TEH END是一个暗示“死亡”的密码名称，也就是这位近百岁的眼镜蛇部队成员。他是眼镜蛇部队里资格最老的成员，THE BOSS的狙击技术就是原自他的教导，这位在19世纪60年代出生的传奇性狙击手，很快就会迎来他100岁的生日。他是现代狙击技术的鼻祖，从秘密潜入、埋伏打击到作战指挥。依靠寄生在身体中的青苔为生的他，就是一个活生生的奇迹.通过苔藓与阳光产生光合作用来获得能源，导致他可以不进食就可以在战场上生存。
05、愤怒（The Fury、ザ・フューリー）（配音演员（日）：平野正人；（英）：Richard Doyle）
代 号：THE FURY
姓 名：未知
性 别：男
年 龄：未知
国 籍：未知
诞生日：未知
出生地：未知
眼镜蛇部队现役成员。愤怒穿着一套黑色的苏联制作的宇航员制服，将防火器具作为替换。 他对于火焰喷射器的使用造作非常熟练。暗恋THE BOSS的他，对于宇航员的外太空空间作业很有经验，但是当穿过大气层时遭受了摩擦冲击，身体全部被灼伤，致使神经遭到压迫失去痛觉，从此沉默寡言。他活在仿佛像火焰一样的怒火中。当他摘下面具，会是一张狰狞痛苦的脸。
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