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用时间顺序排列《MGS》系列：《合金装备 索利德度3食蛇者》、《合金装备知 索利德 掌上行动》、《合金装备 索利德 和平行者》、《合金装备道》、《合金装备2索利德斯内克》、《合金装备 索利回德》、《合金装备 幽灵通天塔》、《合金装备ACID》、《合金装备ACID2》、《合金装备 索利德2自由之子》、《合金装备 索利德 崛起》、《合金装备 索利德4爱国者之铳》。答
另外，一定得分清楚NAKED SNAKE（BIG BOSS）和SOLID SNAKE（OLD SNAKE）二人。
MGS3剧情简介；
1964年，正值东西两方阵营的冷战时期。CIA特工Snake奉命将位于前苏联某山区的秘密武器研究所内的科学家Sokolov带回美国。在Snake即将顺利的将Sokolov代出研究所的时候，他们碰到了一群同样以Sokolov为目的山猫小队的士兵，他们全部听命于一名叫Volgin的上校。从Sokolov口中得知，Volgin一的目的在于推翻何鲁晓夫的，盯上了Soklovo目的是想取得他的研究成果Shagohod（中程弹道导弹的复合射程扩展系统。Shagohod最初被设计为在任何地形上都可以发射核弹的战车）以增加其权利筹码；
在吊桥上Snake遇到了The Boss——传说中的女战士，她在二战时期曾组建过一支名为眼镜蛇的传奇部队。这时的The Boss已经转投Volgin阵营，重新召集齐了眼镜蛇的旧部，并将无后坐力核弹头送给了Volgin，作为见面礼；
Snake不敌The Boss，被她扔下了桥下的河中。Snake从河中爬上岸来的时候，The Boss和Volgin已经带上了Soklovo和他的研究成果Shagohod开始向e799bee5baa6e79fa5e98193e59b9ee7ad94331其自己掌握的研究所转移。在转移的过程中Soklovo对着山谷在自己国家的领土上试射了The Boss送给他的核弹。导弹奔研究所而去，摧毁了一切，Snake凭借氦气球逃脱；
一周后，美国为了证明自己与之前的核爆无关，将snake重新排回苏联境内。他这次的任务是救回Sokolov，搞清Shagohod的情况并毁了它。最后，除掉The Boss。在这次的行动中，苏联提供了两名KGB内应，他们的代号是ADAM和EVA；
而ADAM并没有在预定的地点和Snake接头，取而代之的是一名自称是EVA的女性，EVA潜伏在Volgin身边，以便帮助Snake获得各种情报。在营救Soklovo的过程中，Snake被发现。Soklovo在Volgin的考问中被活活打死，Snake收到了囚禁，并在考问中得知了“哲学家的遗产”（二战期间中美苏三国的最权威人员为了毁灭轴心国开发 、火箭技术和眼镜蛇部队而筹集的巨额资金）的存在因为Ocelot的误射而失去了昨眼；
再次潜入敌方基地的Snake，在引爆Shagohod的关键时刻再次被发现。EVA的内鬼身份也被识破。经过一番鏖战，Snake解决掉了Volgin和Shagohod。经过最终的鏖战，Snake亲手处决了The Boss。并从The Boss手中拿到了Volgin寄存在她手中的“哲学家的遗产”，并和EVA共同从苏联逃出；
在两人共同庆祝逃出升天后的第二天的早上，Snake从EVA给她的录音中得知，EVA并非KGB的特工，而是中国派来的间谍，她的任务就是查清Volgin把“哲学家的遗产”藏在哪里并偷走它。而且，通过录音EVA也把这次任务中关于The Boss的一切真相告诉给了Snake；
The Boss的叛变只是美国策划的一个骗局，一切都是为了华盛顿当局是能得到“哲学家的遗产”。因为只有像The Boss这样的传奇英雄才会赢得Volgin的信任，只有这样他们就能得到Volgin上校继承的“遗产“同时摧毁Shagohod；
在这次任务之后，因为Snake的表现，他总统被授予BIG BOSS称号。但是，在授勋仪式上Snake却看见了自始至终都在与他为难的Ocelot。原来Ocelot就是当初没有与Snake碰面的ADAM。而他的目的则是确保美国得到“哲学家的遗产”，EVA拿走的只是赝品。