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黑客帝国中尼奥在现实世界中有超能力是因为先知告诉他救世主的能百力并不仅限于矩阵中，而是可以联系到机器城的源代码。特工史密斯通过人类反叛军成员的大脑进入真实世界，随后尼奥在真实世界与史密斯搏斗，被史密斯烧坏了眼睛，但却使尼奥借此能够感知到一切机器城的组成部分。
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在尼奥觉醒后，和崔尼蒂一起前往机器城，途中遭到机器拦截，尼奥发出无线信号摧毁机器，之后他们通度过穿过云层顺利进入机器城，但是飞船因为被云层瘫痪了电路而坠毁，崔妮蒂不幸伤重而死，尼奥独自见到了机器城的最高统治者机器大帝，并以消灭史密斯为条件要求和平。
尼奥进入矩阵后，与感染了先知，已经版同他势均力敌权的史密斯决一死战。经过一番苦战之后，尼奥败了，但史密斯也无法消灭他，最后尼奥被史密斯所感染复制，机器大帝因此通过尼奥获得了史密斯的代码，从而成功将其清除，矩阵世界回归正常。
黑客帝国其实有着一个很复杂的世界观。
简单说来：其实在影片中所谓的现实世界，也复就是锡安，也只是一个虚拟世界，那些在所谓现实世界的人，只突破了母体，但依然受第二个虚拟世界的限制。锡安是模仿现实世界所构造的，应该说和现实世界一样，但是依然是制虚拟世界，那些人也依然是沉睡中的，其实现实世界从头至尾都没出现。尼奥能停止那些电子章鱼，是尼奥领悟了第二个虚拟世界的代码的缘故，这也就解释了为什么第三部中尼奥眼睛瞎了，依然能感知事物。从头到尾，人知类都被机器控制着，尼奥他们所奋斗的所谓现实世界，其道实是机器为了防止那些将要觉醒的人类真正觉醒而创造的，让他们以为在现实世界，其实依然沉睡着。悲哀的人类啊……
因为尼奥本zhidao身的程序就与别人不同，属于可以感知和发出程序的类型，能力解放后，发出的程序电波干扰了机械乌贼之后引爆炸弹原理也一样，所以尼奥能念力克制现实中的机械乌贼。
《黑客帝国》讲述了讲述了一名年轻的网络黑客尼奥发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为“矩阵”的计算机人工智能系统控制的，尼奥在一名神秘女郎崔妮蒂的引导下见到了黑客组织的版首领墨菲斯，三人走上了抗争矩阵征途的故事 。
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《黑客帝国》演员表
1、基努·李维斯饰演尼奥
1964年9月2日出生于黎巴嫩贝鲁特，拥有加拿大、英国双国籍，演员、制作人、导演、贝斯吉他手，前天狼星乐队、Becky乐队成员。
1984年，出演个人首部电视剧《Hangin' In》。1986年，其出演的权个人首部电影《血性小子》上映。
2、凯瑞-安·莫斯饰演崔妮蒂
1967年8月21日出生于加拿大温哥华，加拿大女演员。2019年8月，宣布在电影《黑客帝国4》中饰演动作英雄崔妮蒂。