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是黑暗组织出场集数吧，
注：带★表示动画特别篇；带 * 表示虽然有黑衣组织的成员登场，但是与黑衣组织本身无太大关联
TV 版
1 云霄飞车杀人事件
e69da5e6ba90e799bee5baa633254 电玩公司杀人事件
118 浪花连续杀人事件★ *
128 黑衣组织十亿元抢劫事件（部分情节为动画原创）
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件★
176 与黑衣组织的再会（灰原篇）
177 与黑衣组织的再会（柯南篇）
178 与黑衣组织的再会（解决篇）
230 神秘的乘客（前篇）
231 神秘的乘客（后篇）
271 急忙掩饰的忽略（前篇）
272 急忙掩饰的忽略（后篇）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
289 光彦森林迷失记（前篇）*
290 光彦森林迷失记（后篇）*
307 遗留的无声证言（前篇）
308 遗留的无声证言（后篇）
309 与黑衣组织的接触（交涉篇）
310 与黑衣组织的接触（追迹篇）
311 与黑衣组织的接触（决死篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）
345 与黑衣组织的
黑衣组织
直面对决 满月之夜的双重★
425 黑暗冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间★
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
563 侦探团VS强盗团（骚动）
564 侦探团VS强盗团（沉默）
578 召唤危机的红色前兆
579 黑与13的暗示
580 逼近的黑色时刻
581 红色的摇摆目标
667 婚礼前夜（前篇）*
668 婚礼前夜（后篇）*
671 侦探们的夜想曲（案件）*
672 侦探们的夜想曲（绑架）*
673 侦探们的夜想曲（推理）*
674 侦探们的夜想曲（波本）
681 以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）*
683 以性命为赌注的恋爱转播（现场突入）*
699 逼近灰原秘密的黑影（前篇）*
700 逼近灰原秘密的黑影（后篇）
701 漆黑的特快列车（发车）
702 漆黑的特快列车（隧道）
703 漆黑的特快列车（交叉）
704 漆黑的特快列车（终点）
705 密室中的柯南 *
706 解谜的波本
722 香甜冰凉的快递（前篇） *
723 香甜冰凉的快递（后篇） *
734 茱蒂的追忆与赏花的陷阱★
739 小五郎在酒吧里（后篇）
740 小兰也倒在浴室里了（前篇）
190 与黑衣组织的再会（灰原篇）
191 与黑衣组织的再会（柯南篇）
192 与黑衣组织的再会（解决篇）
这是拆分版的集数。希望能帮到你哦。
1、第001话 云霄飞车杀人事件
高中生侦探工藤新一被称为“日本警察界的救世主”而响誉全国，他帮助警方解决了很多棘手案件。e799bee5baa6e997aee7ad94e4b893e5b19e365
某日，他和青梅竹马小兰一起去坐云霄飞车时遇到了一起因情生恨凶杀事件，其中，有两名黑衣人引起了工藤的注意，工藤暗中跟踪却被发现，黑衣给他灌下毒药后离开，当被警察发现时，工藤已变成了小孩儿的模样。
2、第050话 外交官杀人事件(下集)
小兰找来医生时，却发现柯南不见了，她四处寻找来到了犯罪现场，而服部已经开始了对凶手的指认，凶手就是死者的父亲利光，他本人也主动承认。
这时，工藤新一出现，他推翻了服部的推测，并对凶手重新指认，服部甘愿认输，警方带走凶手后，工藤因心痛难耐顾不上和小兰说句话就躲了起来变回柯南，休息了三天后，他意识到老白干是让他恢复原形的方法。
3、第172话 飞天密室
小兰在去冲绳旅行的飞机上想起了一年前新一在飞机上首次处理命案的事情，当时正值深夜，飞机上所有的人都在睡觉，突然传来一声尖叫，一名叫大鹰的男子在厕所被人杀害。
碰巧目暮警官也在飞机上，于是新一和目暮警官一起对机舱上所有可疑的人进行了调查，在寻找凶器无果后，新一想到凶器一定就在凶手身上。
4、第173话 飞天密室
新一要求在次对嫌犯的物品进行搜查，可依旧没有发现可疑物品，之后，新一在鹭沼的座位上发现了底片的碎片，并将所有人的证词、座位上的底片、墙壁上的血渍和被害人口袋被弄湿都串成了一线，虽然鹭沼的嫌疑最大，但新一却说凶手不是他，因为他被真凶所利用，推理一步步接近真相。
5、第536话 服部平次vs工藤新一
平次和柯南打电话的时候，讲起了自己在初中时期遇到的一个未曾谋面的劲敌。当时，平次和同学们一起来山里滑雪，不想遇见一起命案，而死者正是著名演员箕轮奖兵，这起案件与四年前曾在这里发生过的命案极其相似，受害者都是死在缆车上并且身边的背包里全是雪。
在调查过程中，服部总会从别人口中听到一个同样参与破案的初中生，而这个人正是工藤新一，服部不由和这个“隐形”对手较起了劲。
您好，我是柯南吧知道团队的成员，很高兴能回答您的问题^_^
以下抄集数为国语版，箭头后为对应日语版集数
190 与黑暗组织再次重逢知 灰原篇 → 176
191 与黑暗组织再次重逢 柯南篇 → 177
192 与黑暗组织再次重逢 解决篇 → 178
国语版与日语版的完整对照表已经上道传至附件
希望可以帮助你