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我个人觉得是 整个游戏是围绕两兄弟小时百候的记忆进行的，他们妈妈坏的孩子是 极度恐慌2
贝克特的孩子 在第度2部中又说 贝克特的精神能力很强，再最后Alma用意念强奸了他，怀上了另一个智力超常的孩子。
Point Man（一，三代主角）跟他弟弟 Paxton Fettel 需要寻找他的妈妈，由于Paxton Fettel 在第一部已经死掉，需问要借助他哥哥答Point Man的帮助，而他哥哥Point Man 也需要他帮忙逃跑，而且只有 Paxton Fettel 能感应到 Alma的位置，所以两人合作。
在最后为什么互相残杀，是因为 哥哥Point Man 不想杀死那个孩子，而弟弟Paxton Fettel 感觉这个孩子将来会威胁到自己，所以想把孩子杀了。回
至于是什么结局，就看你两个角色谁的分数多。Point Man 多的话，就给弟弟头上一枪，把孩子抱走。Paxton Fettel 多的话，上了哥哥的身，杀答死孩子，大笑，完。
你简单介绍下他们的关系，首先说下其中人的名字Alma（红衣小女孩），Point Man（一 三代主角），Paxton Fettel（一 三代主角弟弟,三代可操控），Becket（二代主角，三代中悲惨死去）
先说下剧情：
在Alma小时候就已被证实，那些让她身体持续虚弱的梦魇与幻觉都是潜在她体内的异能产物，这种异能能使Alma轻易感染围绕在她身边如愤怒与恐惧等的所有负面情绪，让她倍受折磨。 随着Alma的异能越趋强烈，她的父亲——科学家Harlan Wade，让女儿成为ATC技术研究公司的最高机密“起源计划”的主研究对象，目标是利用Alma的DNA克隆出只需通过心灵感应就可以指挥军队的“精神指挥官”。然而由于Alma的精神日益不稳定，研究人员认为继续让她保持自由身进行计划风险过大，所以八岁生日过后的两天，Alma在人工诱导下昏迷并被贮藏在ATC地窖供试验。
在Alma被藏身研究期间，Harlan猜测女儿的力量并不一定完全能通过遗传获得。为确保首个精神“原型”能成功诞生，Harlan决定对女儿进行人工受孕，目的让她的能力通过此法完全转移到胚胎上。
15岁那年，Alma产下第一胎“原型”。但在分娩时的Alma却在身体注射大量镇静剂的情况下恢复意识并痛苦地看着自己的胎儿被带走。（这个不符合ATC计划目的的首个原型就是后来隶属F.E.A.R.小队POINT MAN。）
16岁，Alma诞下了“成功”的第二胎，Paxton Fettel。 在Fettel十岁时，Alma利用异能与儿子的意识融合，即后来的“思想同步”。通过母亲的精神控制，Fettel杀害了好几名负责该计划的研究员，随后计划也因这场意外而终止，同时Alma被移出生命维持装置，整个起源设施遭封锁并弃置。然而，要为起源计划的恶行负责的人们，低估了Alma的力量与愤怒。 尽管Alma已身亡，她残留的有毒生命物质使围绕着起源工场的Auburn工业区受到大规模感染。ATC总裁Genevieve Aristide回到废弃的ATC地窖，企图重启起源计划，但在她派出的调查部队无一返回后决定放弃这个徒劳无功的念头。可这时琴弦已被触动——Alma的意识将再度被唤醒。 在另一次的“思想同步”里，Alma的灵魂将被监禁且已是成人的Fettel释放，下令“把他们全都杀光” 。Fettel利用大批在他精神控制下的克隆士兵对ATC总部进行围攻，并对和起源计划扯上关系的人们逐个进行拷问。 除了 Fettel与他的部队外，另一个制造混乱的存在——Alma利用她强大的超能力进行复仇，她会令受害人产生可怕甚至危险的幻觉，被派遣牵制Fettel行动的队伍遭到Alma的异能攻击，他们的肉身瞬间被溶解，只剩下被烧焦的骸骨埋在血浆与肉块之中。 随着Alma在地窖被释放，F.E.A.R.小队任务彻底失败而引起的起源设施大爆炸，Alma的亡灵因此更具威胁性，影响了费尔波特城大部分地区。有着更多在她支配下的可怕怪物，Alma实现“愿望”的威力比以往任何时候都更大。当那些使她受尽折磨的人们成为她的亡魂，当她完全得到解放，她的“愿望”又会是什么？ 不论任何人试图进入Auburn市区都必须十二分谨慎，Alma随时随地都有可能现身，等到那时，你会听到她若隐若现的嗓音，毛骨悚然的笑声，还有无线电里那些刺耳难辨的异常音频……
下面是一代剧情：
Paxton Fettel带领克隆超级士兵造反，占领了Armacham Technology Corporation（ATC）的总部，主角作为FEAR的新成员，与队友，以及三角洲部队合作，追捕Paxton Fettel。通过追捕过程中得到的各种信息，主角得知Paxton Fettel是Alma的第二个儿子，拥有强大的精神力量，是Origine计划的一部分，而他要前往Origin计划的废弃实验基地解救Alma。最后当主角抓住Paxton Fettel时，Paxton Fettel。告诉主角他是Alma的第一个儿子、。主角最后杀了Paxton Fettel。但是Harlan Wade，Origin计划的领导者，也是Alma的父亲，对Alma受到的种种折磨感到内疚，而释放了Alma。主角不得不毁坏设施内的反应堆，炸毁整个实验基地，以消灭Alma。当主角被三角洲部队的直升飞机救走时，Alma也出现在飞机上。在最后制作人名单播放时，有一段Genevieve Aristide（二代中主角要抓捕的ATC总裁）和一位议员的电话，电话中Genevieve Aristide表示Origin计划还在控制中，原型体（主角）是一个成功。 从这里看似乎主角是故意被安插在fear组织，Paxton Fette的叛乱正好为Paxton Fettel提供了检测主角的能力，只是二代中完全被没有提到他.
二代剧情：
故事发生在一代大爆炸前30分钟，一代主角在追捕Paxton Fettel过程找到的各类证据，都证明ATC总裁Genevieve Aristide有罪。二代主角Becket是三角洲部队的成员，他和队友前往Genevieve Aristide的住所，逮捕她。但是Genevieve Aristide的住所，正被ATC董事会雇佣的佣兵攻击。当主角找到Genevieve Aristide时，她对主角说起Harbinger计划，并称主角和他的队友是对付Alma的唯一希望。当她要详细解释时，一代主角引爆了反应堆，产生了巨大的爆炸，而主角则被震晕。 主角苏醒时，发现Genevieve Aristide指挥的几个医生正对他进行手术。当他完全醒来后，他发现他在一个地下医院，而ATC董事会的雇佣兵正在准备炸毁医院，以毁尸灭迹。在逃往地面的过程中，主角遭到Alma的袭击，而一个自称Snake Fist的人，对他提供帮助，并告诉他因为手术，主角的精神力量大大增加，变得更加醒目，造成Alma要吸收主角。 逃到地面后，只剩下四人的队伍，前往Snake Fist藏身的Wade小学。在小学中，主角发现这里是ATC “Paragon“计划的实验场所。同时主角还得知所谓的”Harbinger“计划就是制造类似一代中Paxton Fettel的精神力量指挥官，以控制克隆士兵。而主角和另一幸存队友Keegan是最有希望成功的。在地下实验室，主角找到了实际上是ATC也就人员的Snake Fist。被克隆杀手杀死之前Snake Fist告诉主角，要战胜e69da5e887aa7a686964616f331Alma，就需要Still Island上（一代中囚禁Alma的地方）的精神力量加强器，加强主角的精神力量，战胜Alma。 在赶往Still Island途中，Keegan独自一人离开了，主角追了上去。但是因为克隆士兵的攻击，而一直没追到。最后主角与队友会合后，与女上尉一起前往精神力量加强器。当上尉要开启加强器时，Genevieve Aristide出现，打死了上尉i，阻止加强器的运行。她告诉主角因为Origin计划的败露，她对董事会已经失去了利用价值。为了拥有与董事会谈判的砝码，她要囚禁Alma。以Alma作为谈判筹码。而方法就是将Alma关在这个加强器中，游戏开始时手术就是加强主角的精神力量，而Alma对精神力量极其敏感，这样主角就成为了诱饵，将Alma引到Still Island。 这时Alma突然出现，Genevieve Aristide将Alma和主角一起关在了加强器里。 主角发现自己处在一个幻境之中，当他要开启加强器时，Keegan突然出现攻击主角，同时叫嚷着为什么不是我？？ 最后主角击败了Keegan并启动了加强器。这时主角发现自己退出了幻境并被封在加强器内。突然加强器打开，主角发现Alam站在他面前，身后是一片废墟。而且Alma怀孕了。Alma走向主角，把他的手放在肚子上，主角听到了一个女声叫唤”Mummy“（结局很OX...很和谐...是主角把Alma的肚子搞大了...很离谱的结局- =打半天等于白打）
接下来到了三代，三代按游戏的时间轴是在一二代结束后9个月发生的，这让人很容易就想到，Alam的第三个孩子要出世了，Point Man在一代事情结束后被原来的F.E.A.R队友抓住。Paxton Fettel因为与母亲Alam “思想同步”所以也知道第三个婴儿要降生了（虽然Paxton Fettel现在只是灵魂），他来解救Point Man，并告知他知道的一些事，Point Man决定再次出击。
在三代游戏当中第一次解救女主的时候看的监控器上的男子就是Becket，在飞机场Point Man和Paxton Fettel截下了装着Becket的箱子，Paxton Fettel侵入Becket体内，了解一些关于Alma的信息后，将具Becket悲惨的杀死。
具体三代剧情自己游戏体会下吧， 反正有汉化了，再玩一次没什么问题吧。最后解释下几个计划的含义。
Perseus计划
这个计划包括了Origin计划中出生的Paxton Fettel。 Paxton Fettelzu作为指挥官，用他的精神力量来控制克隆部队，这支部队最后因为Alma的复苏而造反，游戏中的大多数敌人都是他们。
Harbinger计划
这时Origin 计划的后继者，目的是制造更多，更可靠的精神力量指挥官，二代主角和他的数位队友都是这个计划的选中者。在二代里的医院就是这个计划的实验基地，主角遇到了很多失败的实验品。
Paragon计划
这是一个长期的研究计划，目的是在Wade小学学生中寻找拥有精神力量天赋的小孩，将他们发展成精神力量的使用者。在小学的地下实验室内研究人员对学生进行暗示, 药物,甚至秘密手术，以激发他们的能力。Alma曾经也是这里的学生，因为她拥有的强大力量和不稳定性而被转移。
首先回答楼主的问题，这女孩是1代2代的大BOSS艾尔玛（ ALMA）。
剧情1代： 整个故事的起源于25年前， 故事里面的博士Halan Wade(就是后期才出现的那个戴眼镜的老博士)有两个女儿， 一个是Alice Wade（中期出现的那个女的NPC）, 另一个就是故事中的“贞子”，穿红衣服的小女孩，叫Alma Wade。 不知道出于什么原因， 我们的恐怖小天使Alma在8岁的时候被发现具有一种叫Telepathy的超能力，也就是说可以瞬间移动任何物体，包括生物体到另外一个空e69da5e887aae79fa5e98193333间（在X-MEN里面那个长尾巴的人同样的能力）。于是ATC（故事里面的科研机构）开始拿Alma做实验，投资了数十亿美元企图获得这其中的秘密并运用到研究新武器中。 Halan Wade虽然作为Alma的父亲，竟然丧失人性的加入这项研究计划把自己的女儿关押起来做实验品。 于是，从8岁到15岁的整整7年，Alma的被关押在暗无天日的地方，（ATC已经掌握了隔断她超传输能力的方法，把她关在一个VAULT（巨大的容器）里面）无休止的进行各种实验。最为可怕的是，到了Alma十五岁的时候，ATC为了能够成功复制Alma的超能力，强行让Alma受精怀孕！（精子来自美军中的精英战士） 在产后的第六天，由于多年来遭受的精神折磨和产后的虚弱，Alma失去了活下去的意志，离开人间！ 25年后，于是，在故事一开始，ATC关押Alma尸体的巨大容器不知道为何发生泄漏事件，Alma虽然已经死亡了二十年，但强大的超能力使得她的意志超出了物质得以存在（估计ATC也知道这一点，否则不会舍不得把她尸体火化了），Alma用她的意志展开了复仇和获得自由的计划！在于是游戏中正式内容开始的时候，首先出现的那个吃人的家伙，叫Paxton Fettel, 则是游戏中三个具有超能力的另外一个人（具体是何方神圣后面交代）被 Alma 用她的超能力从关押中解放出来（大家已经见识过Alma用精神力量使人爆炸的能力了，对付关押Paxton的几个守卫当然不是问题），为打开关押Alma尸体的容器而服务。（个人估计由于容器还没有完全打开，Alma的能力受限，还不能为所欲为，否则自己开门出来得了）Paxton用他的超能力控制了整个克隆军团，开始展开潜入ATC高级基地的任务（Paxton的超能力和Alma不一样，除了能够控制士兵以外，还可以通过吃别人的大脑获得死人的记忆！（这就解释了Paxton为什么在游戏中总吃人了，靠!其实他也觉得很恶心的啊！他只想获得开各种门的密码或者其他讯息而已！） 然后，我们的主角终于登场了，一个没有执行过任何任务的新兵，竟然被派遣参加这么艰难的任务！然后大家都很英勇的一路杀到底了。当主角杀到最后的时候，所有的谜语才终于完全解开，原来，主角本人就是25年前Alma产下的那个男婴！！！！也就是说，主角在出生后，其实也是一个实验品，在接受了各种特殊训练后成为F.E.A.R中的成员，唯一的目的就是培养他成为超级战士！这次行动也就是对他的最后一次实验而已！整个事件是ATC一手策划的！ 这下大家就明白了为何主角在游戏中能够有慢动作的超级反应能力，而且能够和他的母亲，也就是那个小女孩Alma产生心灵感应。而且Alma每次出现也只是调戏他一下，也没有杀他。（也可能是因为主角由于也具有强大的超精神力量，还没有完全解脱的Alma 的力量还不足够杀他，当然，最后Alma还是想杀他了，至于是不想自己的儿子有和自己一样的悲惨命运还是杀红了眼，就只有编剧知道了）好了，这时候应该交代那个Paxton了，这哥们其实就是主角的一个复制品，所以严格的说是主角的亲兄弟。不过不知道为什么被认为是失败的实验品，也被关了。 到了大结局的时候了，Alma的亲生父亲Harlan Wade原来是导致泄漏的关键人员，因为他终于醒悟到自己多年来犯下的罪行，试图释放出Alma的尸体，让Alma的灵魂得以解脱(不过还是罪无可赦啊，怪不得Alma等利用完他以后，想都不想就爆了他！)。 游戏中的那个种捣乱的胖子，叫Mapes的那个，其实也不是捣乱而已，他发现了释放Alma灵魂的后果，（Alma的灵魂已经被复仇扭曲了，已经变成杀人魔王），于是想去阻止Harlan博士，结果被博士在容器前毙了。 故事最终的结果大家都看了，不过我到最后还有点怀疑Alma到底有没有死，因为她到游戏后期出现的形象是40岁左右的形象，而且最后核爆炸，竟然被她用瞬间移动转到直升机上（虽然也可以解释是她的灵魂而已，不过灵魂能力也这么强，肉体不要也罢）酷啊！
二代： 故事发生在一代大爆炸前30分钟，一代主角在追捕Paxton Fettel过程找到的各类证据，都证明ATC总裁Genevieve Aristide有罪。二代主角Becket是三角洲部队的成员，他和队友前往Genevieve Aristide的住所，逮捕她。但是Genevieve Aristide的住所，正被ATC董事会雇佣的佣兵攻击。当主角找到Genevieve Aristide时，她对主角说起Harbinger计划，并称主角和他的队友是对付Alma的唯一希望。当她要详细解释时，一代主角引爆了反应堆，产生了巨大的爆炸，而主角则被震晕。 主角苏醒时，发现Genevieve Aristide指挥的几个医生正对他进行手术。当他完全醒来后，他发现他在一个地下医院，而ATC董事会的雇佣兵正在准备炸毁医院，以毁尸灭迹。在逃往地面的过程中，主角遭到Alma的袭击，而一个自称Snake Fist的人，对他提供帮助，并告诉他因为手术，主角的精神力量大大增加，变得更加醒目，造成Alma要吸收主角。 逃到地面后，只剩下四人的队伍，前往Snake Fist藏身的Wade小学。在小学中，主角发现这里是ATC “Paragon“计划的实验场所。同时主角还得知所谓的”Harbinger“计划就是制造类似一代中Paxton Fettel的精神力量指挥官，以控制克隆士兵。而主角和另一幸存队友Keegan是最有希望成功的。在地下实验室，主角找到了实际上是ATC也就人员的Snake Fist。被克隆杀手杀死之前Snake Fist告诉主角，要战胜Alma，就需要Still Island上（一代中囚禁Alma的地方）的精神力量加强器，加强主角的精神力量，战胜Alma。 在赶往Still Island途中，Keegan独自一人离开了，主角追了上去。但是因为克隆士兵的攻击，而一直没追到。最后主角与队友会合后，与女上尉一起前往精神力量加强器。当上尉要开启加强器时，Genevieve Aristide出现，打死了上尉i，阻止加强器的运行。她告诉主角因为Origin计划的败露，她对董事会已经失去了利用价值。为了拥有与董事会谈判的砝码，她要囚禁Alma。以Alma作为谈判筹码。而方法就是将Alma关在这个加强器中，游戏开始时手术就是加强主角的精神力量，而Alma对精神力量极其敏感，这样主角就成为了诱饵，将Alma引到Still Island。 这时Alma突然出现，Genevieve Aristide将Alma和主角一起关在了加强器里。 主角发现自己处在一个幻境之中，当他要开启加强器时，Keegan突然出现攻击主角，同时叫嚷着为什么不是我？？ 最后主角击败了Keegan并启动了加强器。这时主角发现自己退出了幻境并被封在加强器内。突然加强器打开，主角发现Alam站在他面前，身后是一片废墟。而且Alma怀孕了。Alma走向主角，把他的手放在肚子上，主角听到了一个女声叫唤”Mummy“（结局很OX...很和谐...是主角把Alma的肚子搞大了...很离谱的结局- =打半天等于白打）
以上复制。。。 还有个DLC重生