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简单介绍下他们的关系，首先说下其中人的名字Alma（红衣小女孩），Point Man（一 三代主角），Paxton Fettel（一 三代主角弟弟,三代可操控），Becket（二代主角，三代中悲惨死去）
先说下剧情：
在Alma小时候就已被证实，那些让她身体持续虚弱的梦魇与幻觉都是潜在她体内的异能产物，这种异能能使Alma轻易感染围绕在她身边如愤怒与恐惧等的所有负面情绪，让她倍受折磨。 随着Alma的异能越趋强烈，她的父亲——科学家Harlan Wade，让女儿成为ATC技术研究公司的最高机密“起源计划”的主研究对象，目标是利用Alma的DNA克隆出只需通过心灵感应就可以指挥军队的“精神指挥官”。然而由于Alma的精神日益不稳定，研究人员认为继续让她保持自由身进行计划风险过大，所以八岁生日过后的两天，Alma在人工诱导下昏迷并被贮藏在ATC地窖供试验。
在Alma被藏身研究期间，Harlan猜测女儿的力量并不一定完全能通过遗传获得。为确保首个精神“原型”能成功诞生，Harlan决定对女儿进行人工受孕，目的让她的能力通过此法完全转移到胚胎上。
15岁那年，Alma产下第一胎“原型”。但在分娩时的Alma却在身体注射大量镇静剂的情况下恢复意识并痛苦地看着自己的胎儿被带走。（这个不符合ATC计划目的的首个原型就是后来隶属F.E.A.R.小队POINT MAN。）
16岁，Alma诞下了“成功”的第二胎，Paxton Fettel。 在Fettel十岁时，Alma利用异能与儿子的意识融合，即后来的“思想同步”。通过母亲的精神控制，Fettel杀害了好几名负责该计划的研究员，随后计划也因这场意外而终止，同时Alma被移出生命维持装置，整个起源设施遭封锁并弃置。然而，要为起源计划的恶行负责的人们，低估了Alma的力量与愤怒。 尽管Alma已身亡，她残留的有毒生命物质使围绕着起源工场的Auburn工业区受到大规模感染。ATC总裁Genevieve Aristide回到废弃的ATC地窖，企图重启起源计划，但在她派出的调查部队无一返回后决定放弃这个徒劳无功的念头。可这时琴弦已被触动——Alma的意识将再度被唤醒。 在另一次的“思想同步”里，Alma的灵魂将被监禁且已是成人的Fettel释放，下令“把他们全都杀光” 。Fettel利用大批在他精神控制下的克隆士兵对ATC总部进行围攻，并对和起源计划扯上关系的人们逐个进行拷问。 除了 Fettel与他的部队外，另一个制造混乱的存在——Alma利用她强大的超能力进行复仇，她会令受害人产生可怕甚至危险的幻觉，被派遣牵制Fettel行动的队伍遭到Alma的异能攻击，他们的肉身瞬间被溶解，只剩下被烧焦的骸骨埋在血浆与肉块之中。 随着Alma在地窖被释放，F.E.A.R.小队任务彻底失败而引起的起源设施大爆炸，Alma的亡灵因此更具威胁性，影响了费尔波特城大部分地区。有着更多在她支配下的可怕怪物，Alma实现“愿望”的威力比以往任何时候都更大。当那些使她受尽折磨的人们成为她的亡魂，当她完全得到解放，她的“愿望”又会是什么？ 不论任何人试图进入Auburn市区都必须十二分谨慎，Alma随时随地都有可能现身，等到那时，你会听到她若隐若现的嗓音，毛骨悚然的笑声，还有无线电里那些刺耳难辨的异常音频……
下面是一代剧情：
Paxton Fettel带领克隆超级士兵造反，占领了Armacham Technology Corporation（ATC）的总部，主角作为FEAR的新成员，与队友，以及三角洲部队合作，追捕Paxton Fettel。通过追捕过程中得到的各种信息，主角得知Paxton Fettel是Alma的第二个儿子，拥有强大的精神力量，是Origine计划的一部分，而他要前往Origin计划的废弃实验基地解救e5a48de588b6e799bee5baa6e997aee7ad94362Alma。最后当主角抓住Paxton Fettel时，Paxton Fettel。告诉主角他是Alma的第一个儿子、。主角最后杀了Paxton Fettel。但是Harlan Wade，Origin计划的领导者，也是Alma的父亲，对Alma受到的种种折磨感到内疚，而释放了Alma。主角不得不毁坏设施内的反应堆，炸毁整个实验基地，以消灭Alma。当主角被三角洲部队的直升飞机救走时，Alma也出现在飞机上。在最后制作人名单播放时，有一段Genevieve Aristide（二代中主角要抓捕的ATC总裁）和一位议员的电话，电话中Genevieve Aristide表示Origin计划还在控制中，原型体（主角）是一个成功。 从这里看似乎主角是故意被安插在fear组织，Paxton Fette的叛乱正好为Paxton Fettel提供了检测主角的能力，只是二代中完全被没有提到他.
二代剧情：
故事发生在一代大爆炸前30分钟，一代主角在追捕Paxton Fettel过程找到的各类证据，都证明ATC总裁Genevieve Aristide有罪。二代主角Becket是三角洲部队的成员，他和队友前往Genevieve Aristide的住所，逮捕她。但是Genevieve Aristide的住所，正被ATC董事会雇佣的佣兵攻击。当主角找到Genevieve Aristide时，她对主角说起Harbinger计划，并称主角和他的队友是对付Alma的唯一希望。当她要详细解释时，一代主角引爆了反应堆，产生了巨大的爆炸，而主角则被震晕。 主角苏醒时，发现Genevieve Aristide指挥的几个医生正对他进行手术。当他完全醒来后，他发现他在一个地下医院，而ATC董事会的雇佣兵正在准备炸毁医院，以毁尸灭迹。在逃往地面的过程中，主角遭到Alma的袭击，而一个自称Snake Fist的人，对他提供帮助，并告诉他因为手术，主角的精神力量大大增加，变得更加醒目，造成Alma要吸收主角。 逃到地面后，只剩下四人的队伍，前往Snake Fist藏身的Wade小学。在小学中，主角发现这里是ATC “Paragon“计划的实验场所。同时主角还得知所谓的”Harbinger“计划就是制造类似一代中Paxton Fettel的精神力量指挥官，以控制克隆士兵。而主角和另一幸存队友Keegan是最有希望成功的。在地下实验室，主角找到了实际上是ATC也就人员的Snake Fist。被克隆杀手杀死之前Snake Fist告诉主角，要战胜Alma，就需要Still Island上（一代中囚禁Alma的地方）的精神力量加强器，加强主角的精神力量，战胜Alma。 在赶往Still Island途中，Keegan独自一人离开了，主角追了上去。但是因为克隆士兵的攻击，而一直没追到。最后主角与队友会合后，与女上尉一起前往精神力量加强器。当上尉要开启加强器时，Genevieve Aristide出现，打死了上尉i，阻止加强器的运行。她告诉主角因为Origin计划的败露，她对董事会已经失去了利用价值。为了拥有与董事会谈判的砝码，她要囚禁Alma。以Alma作为谈判筹码。而方法就是将Alma关在这个加强器中，游戏开始时手术就是加强主角的精神力量，而Alma对精神力量极其敏感，这样主角就成为了诱饵，将Alma引到Still Island。 这时Alma突然出现，Genevieve Aristide将Alma和主角一起关在了加强器里。 主角发现自己处在一个幻境之中，当他要开启加强器时，Keegan突然出现攻击主角，同时叫嚷着为什么不是我？？ 最后主角击败了Keegan并启动了加强器。这时主角发现自己退出了幻境并被封在加强器内。突然加强器打开，主角发现Alam站在他面前，身后是一片废墟。而且Alma怀孕了。Alma走向主角，把他的手放在肚子上，主角听到了一个女声叫唤”Mummy“（结局很OX...很和谐...是主角把Alma的肚子搞大了...很离谱的结局- =打半天等于白打）
接下来到了三代，三代按游戏的时间轴是在一二代结束后9个月发生的，这让人很容易就想到，Alam的第三个孩子要出世了，Point Man在一代事情结束后被原来的F.E.A.R队友抓住。Paxton Fettel因为与母亲Alam “思想同步”所以也知道第三个婴儿要降生了（虽然Paxton Fettel现在只是灵魂），他来解救Point Man，并告知他知道的一些事，Point Man决定再次出击。
在三代游戏当中第一次解救女主的时候看的监控器上的男子就是Becket，在飞机场Point Man和Paxton Fettel截下了装着Becket的箱子，Paxton Fettel侵入Becket体内，了解一些关于Alma的信息后，将具Becket悲惨的杀死。
具体三代剧情自己游戏体会下吧， 反正有汉化了，再玩一次没什么问题吧。最后解释下几个计划的含义。
Perseus计划
这个计划包括了Origin计划中出生的Paxton Fettel。 Paxton Fettelzu作为指挥官，用他的精神力量来控制克隆部队，这支部队最后因为Alma的复苏而造反，游戏中的大多数敌人都是他们。
Harbinger计划
这时Origin 计划的后继者，目的是制造更多，更可靠的精神力量指挥官，二代主角和他的数位队友都是这个计划的选中者。在二代里的医院就是这个计划的实验基地，主角遇到了很多失败的实验品。
Paragon计划
这是一个长期的研究计划，目的是在Wade小学学生中寻找拥有精神力量天赋的小孩，将他们发展成精神力量的使用者。在小学的地下实验室内研究人员对学生进行暗示, 药物,甚至秘密手术，以激发他们的能力。Alma曾经也是这里的学生，因为她拥有的强大力量和不稳定性而被转移。
手打给分不？我打了啊~~具体剧情从哑巴大叔干死他弟弟之后，他弟弟魂回来了，然后要带大叔去找他们吓人的老妈子，其实剧情很没头绪的，也不知道为啥哑百巴大叔就跟着去了，然后俩人一路过关斩将，具体的敌人就是他们老妈子度的思念集合体（也就是怪兽）和他们的爸爸派来的敌人？（试管他们的博士）其实这里也很矛盾，他爸是问一直跟老妈子吓唬咱们的那个异形。异形是怎么命令人类的？不解！！
最后玩玩你知道目的了，原来老妈子要生了，大概是4代主角吧！期待是异常牛13的人物。兄弟俩人之中的哑巴大叔决定去看热闹，而弟弟好象是要去附身那个婴儿，最终干掉了自己总BOSS老爸，超大异形之后。按分数决定结局，假如哑巴大叔分高，答结局就是哑巴大叔又一次的KO了自己的弟弟，然后带走了婴儿，貌似版要抚养，至于老妈子 好象挂了。 要是弟弟分高，就是弟弟附身了哥哥然后撕了老妈子最后带走了婴儿，占没占权据婴儿的身体没说。。。
1代主角就是哑巴大叔，敌人是老妈子和弟弟，二代主角是另一个新人类，老妈子觉得他的能力强要吞噬他。三代就是以上的内容了。
故事起源于25年前，科学家海伦‧魏德(Halan Wade)发现自己的8岁的养女艾玛‧魏德(Alma Wade)有一种名为Telepathy的超能力，这个能力可以瞬间移动任何物体到另外一个空间，包括生物体。阿玛庚科技股份有限公司(Armacham Technology Corporation，简称ATC)得知后决定投资10亿美元与博士研究开发新武器，这个计划名称名为起源计划，而对象就是他自己的女儿，他把他女儿关在一个VAULT的巨大容器，并永无止境的对他进行各种实验长达7年，ATC为了能复制她的超能力，竟然让当时只有15岁的她强行受孕，产下两位男婴，其中一位是Paxton Fettel，而其能力除了可以控制士兵之外，还可以啃食尸体的大脑来获取，在产后6天，Alma因为不堪折磨和产后的虚落而离开人间，ATC为了怕她的超能力外泄，把保存在地下室里。
25年后的今天，看管严密的ATC，却发生了外泄事件，Alma的意志传达到她的儿子Paxton Fettel，也通过他展开她的复仇计划。
最后，主角得知自己当年就是Alma产下的另外一个男婴，而且整个计划都是由ATC主导，其目的是想培育出超级士兵，而这次的任务是他们最后一个测试, 主角在得知真相后,决定破坏ATC内部的核能反应e799bee5baa6e58685e5aeb9365炉引发核爆来摧毁ATC，而在主角离开内部的时候，刚好发生核爆，幸运的是主角只受到爆炸波的影响，F.E.A.R的直升机，不过在上直升机没多久，主角突然看到自己母亲的身影。