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高中2年级时，主人公抄背井离乡，决意在新的学校学习音乐。受到故乡小提琴导师的推荐，主人公转入了位于神户的神南高校。在神南高校管弦乐部中，以东金千秋为首，聚集了不少优秀演奏家。主人公进入管弦乐部和他们共同参加全国音乐大赛，主人公能否和他们一起寻回自己失百落的优美琴音，并成功站在全国的顶点！？
可攻略角色除东金千秋、土岐蓬生、如月律、度榊大地外，追加本篇角色芹沢 睦成为攻略角色。 碓氷穗乃香（HONOKA USUI)
CV：知桑岛法子
乐器：长笛
学校： 星奏学院高等学校
年级：音乐科三年级
社团：交响乐团部
年龄：17
生日：09月16号
星座：处女座
血型：AB型
身高：164
象征物：——
星奏学院交响乐团部，与大地同学年，大地待她关系亲切。道 东金源一（GENICHI TOHGANE)
CV:银河万丈
年龄：58
生日：12月29日
星座：摩羯座
血型：O型
身高：185
东金千秋的父亲，曾在东金出场的音乐赛中作为评审给东金0分，不认可东金的音乐。
醒来的时候，发现自己身在一辆陌生的巴士里——手里拿着装着小提琴的琴盒，但却完全不知为何自己在这里。正慌忙失措时名叫NIA的美少女前来搭话“你也是去【函馆天音学园】的吧？”在函馆天音校内遇到青年TONO说，这座函馆天音是妖精居住的地方。主人公，NIA，TONO，以及NIA双胞胎哥哥SORA，这4人，被无数离奇的命运引导着。在理事长的横滨洋房里，开始收集妖精奇迹源泉【BP】的生活。这是梦与现实之间的故事。
《金色琴弦3another sky feat 函馆天音》为AS系列的特典，攻略了其他AS3校才能攻略，NIA外加金3本篇。
攻略人物为AS系列里在便利店，乐器店打工的SORA,TONO,及金3本篇里的NIA。 支仓宇宙（SORA HASEKURA）
CV:Kenn
乐器：长笛
学校：函馆天音学园高等学校
年级：音乐科2年
社团：——
年龄：17岁
生日：04月15号
星座：白羊座
血型：——
身高：165
象征物：宇宙
擅长曲风：愁情
苦手曲风：——
擅长科目：英语
苦手科目：体育
NIA的双胞胎哥哥，父母e799bee5baa6e997aee7ad94e59b9ee7ad94361于其4岁时逝世，双子妹妹被母方伯父收养带走。自己由父方伯父支仓银治收养，但后面伯父病逝，因而害怕失去重要的人。性格怕麻烦。 TONO
CV:前野智昭
乐器：大提琴
学校：函馆天音学园高等学校
年级：音乐科2年
社团：——
年龄：不明
生日：不明
星座：不明
血型：不明
身高：180
象征物：音
擅长曲风：华彩
苦手曲风：——
擅长科目：语学系全部，技术
苦手科目：——
主人公于函馆天音学园中遇到的人，性格开朗，为寻找他曾经听到演奏【爱的礼赞】的人，而一直请他人演奏。
本作以曾在2010年2月发售的PSP/PS2用恋爱养成游戏《金色琴弦百3》同年的夏天为舞台展开
故事，游戏将以「如果主人公是别校度的转校生的话……」的方式展开。
玩家将作为转校生转知入，《feat. 神南》的话就是转入“神南高校”，《feat.至诚馆》的话就是“至诚馆高校”，《feat. 天音学园》道当然就是转入“天音学园高校”喽。而在《金色のコルダ3》中登场的专“星奏学院”则将作为对手学校登场。除了在新的高中展开的新故属事外，还有一些新角色也会登场。
幼驯染的律前往横滨星奏学院2年后，过着平凡生活的奏和响百也忽然收到一封信。这是来自同样位于横滨的天音学园的入学案内度。奏凭着仅有的对“金色琴弦少年”的记忆，胸中涌动着莫名的焦灼感。她决意转入天音，而这各决定问也改变了响也的命运，一同转学的两人，等待他们的将是？ 立于横滨元町的天音学园是一幢玻璃外观的建筑，答有着拒人千里之外的冷漠感。战战兢兢进了理事长室的响也和奏，见到了“学园支配者”冥加。冥加听了他俩的琴音立马劝他俩退学。为了获得【能够演奏美妙音乐的版才华=MF】而失去什么的这个天上乐园里，命运的齿轮开始转动
可攻略角权色除冥加玲士、天宫静、七海宗介、如月响也外，追加本篇角色冰渡贵史成为攻略角色。