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岩石系道馆（1－18）
第1集：旅行开始，从双叶镇到真沙镇 （小光e79fa5e98193e59b9ee7ad94363登场，小光得到波加曼）
第2集：寻找皮卡丘！202号道路！（小次郎得到尖牙笼，小智收服到姆克儿，小刚归队）
第3集：对战劲敌 三对三 ！（小光加入）（真司的姆克儿被放生）
第4集：波加曼对战含羞苞 小光的初次战斗！
第5集：收服草苗龟！！ (小智收服到草苗龟）
第6集：迷惑之森，与真司的再度相遇 !！(真司收服到惊角鹿和圈圈熊，惊角鹿被放生)
第7集：波加曼加油！
第8集：谜之道馆的不良蛙！ （小刚收服到不良蛙）
第9集：和卷卷耳一起玩 ！(小光收服到卷卷耳）
第10集：小精灵手表入手困难！
第11集：小光！华丽大赛初登场！
第12集：华丽大赛战斗!劲敌对决! （小光初次挑战华丽大赛失败）
第13集：姆克儿加油! （小刚的爱哭树学会模仿）(小智的姆克儿进化成姆克鹰)
第14集：一切交给小刚吧! (小刚的爱哭树进化成胡说树)
第15集：黑铁道馆!平田对战真司!
第16集：头盖龙VS皮卡丘! （真司的玛力露丽送人）（小智挑战道馆失败）
第17集：古代小精灵大进击!
第18集：再战黑铁道馆!决战战槌龙 ！（小智拿到第一枚徽章）
草系道馆（19－37）
第19集：收服帕奇利兹没问题?(小光收服到帕奇利兹）
第20集：神奇宝贝猎人J！
第21集：最强的鲤鱼王与最美的笨笨鱼!
第22集：帕奇利兹VS长尾怪手!
第23集：爆走大钢蛇，守护大牙狸之村!
第24集：小智对抗皮卡丘!?
第25集：怪杰罗丝雷朵与花传说!
第26集：小精灵华丽大赛，索诺大会! （小光的波加曼学会潮漩）
第27集：决战，波加曼对波皇子! （小光得到第一个缎带勋章）
第28集：飘飘球与北风的使者!
第29集：小智与小光，双人合作赛没问题!?
第30集：白岱之森，结草儿进化作战!
第31集：草苗龟对草苗龟！速度对决!
第32集：琥珀之城的女皇蜂!
第33集：小精灵变装大会 ！(小刚赢得比赛，得到好运蛋的蛋）
第34集：泳气鼬!通向最强的道路 ！（小光收服到泳气鼬）
第35集：四大天王悟松与青铜钟!
第36集：神奥时空传说!
第37集：白岱会馆！对战菜子! （小智拿到第二枚徽章）
格斗系道馆（38－68）
第38集：高速自行车道上的伟大诞生!!(小刚的蛋孵化出好运蛋)
第39集：皮卡丘来看家！
第40集：『冠军』希罗娜登场！
第41集：小光和小望与双人合作赛！
第42集：落雷兽训练中心！
第43集：梦妖魔！从恶梦中逃脱！！
第44集：帮助迷路的怪河马！
第45集：猎人J再次登场！守护盾面龙！
第46集：迷路曳行！全员紧绷！
第47集：美留与凯西与水之底！
第48集：小智与小光！迎向新的冒险！！【总集篇】
第49集：小精灵华丽大赛！绿缘大会！！（小光挑战华丽大赛失败）
第50集：全员参加！联协对战！！
第51集：小火焰猴VS猫鼬斩！命运的对决！！（真司放生小火焰猴）（小智邀请小火焰猴加入）
第52集：双人合作赛！决胜战！！（小智收服到小火焰猴）（真司的电击怪进化成电击兽）
第53集：小火焰猴之泪!
第54集：菜子与沙漠奈亚！再见是为了谁！（小次郎的沙漠奈亚送给菜子）
第55集：长尾怪手与泳气鼬！各自的道路!（小光的泳气鼬和小智的长尾怪手交换）
第56集：鬼盆栽的御灵石！
第57集：大河狸心知肚明！
第58集：大朝北鼻！热血之魂！
第59集：伦琴猫之眼！
第60集：随镇遗迹的未知图腾！(小光的长尾怪手学会双重攻击进化成双尾怪手）
第61集：宠物小精灵华丽大赛！随镇大会!!（小光华丽大赛失败，武藏得到第一个缎带勋章）
第62集：女仆咖啡店的大奶罐！（小刚的好运蛋学会神秘力量）
第63集：小山猪三重奏对抗温泉烟雾！
第64集：天蝎王与天蝎！穿越风的迷宫（小智的草苗龟学会能量球，小智收服到天蝎）（真司收服到天蝎王）
第65集：帕奇利兹在河马兽嘴里！？
第66集：路卡利欧 愤怒的波导弹！
第67集：小光的道馆处女战！(小智的姆克鹰学会神鸟特攻)
第68集：户张道馆！路卡利欧VS泳气鼬！！（小智的泳气鼬学会水波动，小智拿到第三枚徽章）
水系道馆（69－83）
第69集：华丽的装束！其名为银河团！！
第70集：身为美丽的小铃铛！
第71集：宠物小精灵护林员！波导的利欧路！-前篇
第72集：宠物小精灵护林员！波导的利欧路！-后篇
第73集：再见了 毒粉蝶！（武藏的毒粉蝶被放生）
第74集：皮卡丘！雷丘！通向进化的道路！！
第75集：华丽大赛尊者·米可利登场！！（小遥露面）
第76集：七星级餐厅！以联协战斗享受豪华宴席！！（小遥暂时归队）
第77集：强敌云集！米可利杯！！
第78集：激斗！各自的劲敌！！
第79集：决战！小光对小遥！！（小遥离队，小光得到第二个缎带勋章）
第80集：阳阳玛！收服作战！！（武藏收服到阳阳玛，阳阳玛学会原始之力进化成梅卡阳玛）
第81集：灼热的小火焰猴！
第82集：野濑大湿原的毒赖蛙庆典！？
第83集：野濑会馆！VS最强的假面！！（小智拿到第四枚徽章）
鬼系道馆（84－102）
第84集：里山先生家的大食客小山猪！(小光收服到小山猪)
第85集：天蝎！友情之翼!!（小智的天蝎进化成天蝎王)
第86集：绿缘时装系列发布会！通往小精灵造型师之路！！（小光获得第一名）
第87集：拦路的可达鸭！
第88集：宠物小精灵夏日学校课程!
第89集：发表研究『湖之传说』！
第90集：放学后是幽灵时间！？
第91集：最后的大胜负！宠物小精灵铁人三项！！
第92集：回归原点的火箭队！？
第93集：跳的拳击练习场领导人！梅丽莎登场！
第94集：帕奇利兹发烧了! 两人来看护!?
第95集：小精灵华丽大赛，神和大会！（小光得到第三个缎带勋章）
第96集：银河团的袭击！！-前篇
第97集：银河团的袭击！！-后篇
第98集：漂浮的未知怪物！？
第99集：四天王阿柳！相会与离别之森！
第100集：草苗龟、树林龟…然后土台龟！（小智的草苗龟进化成树林龟）
第101集：劲敌训练家·阿顺登场！！
第102集：缘之道馆战！对抗梅丽莎！！（小智拿到第五枚徽章，武藏得到第二个缎带勋章）
钢系道馆（103－108）
第103集：混战混乱 水脉市！
第104集：克雷色利亚对抗达克莱伊！（小光的小山猪进化成长毛猪)
第105集：森林羊羹与洛托姆！
第106集：与神奇宝贝友好相处之道！？（小智的天蝎王学会炎牙，小光的长毛猪学会原始之力进化成象牙猪）
第107集：战槌龙对抗护城龙！！
第108集：水脉道馆战！钢铁的对战！！（小智拿到第六枚徽章）
冰系道馆（109－127）
第109集：迷路的吼吼鲸！
第110集：阿玄与路卡利欧！
第111集：钢铁岛的遗迹！（小次郎的尖牙笼学会藤鞭）
第112集：皮卡丘与波加曼，漂流记！
第113集：恶作剧的霏欧纳！
第114集：口袋妖怪华丽大赛 通草大会!! （小光的帕奇利兹学会愤怒门牙，小光得到第四个缎带勋章）
第115集：野蛮的君莎与搭档聒噪鸟！
第116集：暴风雪中的雪妖女！
第117集：火箭队解散！？
第118集：神奇圆环！天空大决战!!（小智的姆克鸟进化成姆克鹰，姆克鹰学会近身打）
第119集：激烈冲突！象牙猪对抗波士科多拉！
第120集：教学！神奇的口袋中的宝贝！！【总集篇】
特别篇：不可思议的生物 神奇宝贝！
第121集：寂寞的雪笠怪！！（小智的树林龟学会岩石攀登）
第122集：进化！这次是波加曼!?
第123集：神奇宝贝华丽大赛立浪大会!! （小光挑战华丽大赛失败）
第124集：神奇宝贝乒乓球大会！加油，双尾怪手!!(小光的双尾怪手被送人）
第125集：樱花宝!坚强之战!?
第126集：训练家培育学园的铃奈老师！
第127集：切锋道馆！冰之战斗!!（小智拿到第七枚徽章）
银河团剧情（128－152）
第128集：对战金字塔！真司对抗神代！！
第129集：复活的雷吉奇卡斯！J再度登场！！
第130集：电龙列车！“好看”登场!!（小刚的胡说树学会臂力拳）
第131集：全员对战！真司对抗小智!! -前篇
第132集：全员对战！真司对抗小智!! -后篇（小智的小火焰猴进化成猛火猴，猛火猴学会音速拳）
第133集：由克希之影！
第134集：森林之王巨蔓藤！（小光的象牙猪学会觉醒力量）
第135集：全员参战！神奇宝贝齐心协力!!
第136集：殿元山的遗迹！银河团的阴谋！
第137集：玛力露·波加曼·电击怪!
第138集：小光vs妈妈!母女对抗!!
第139集：救出大木博士!牛蛙君对抗不良蛙!!
第140集：天然雀，天然鸟…不可思议的森林!
第141集：对战塔大君！那位男子叫山棕!!（小智的树林龟掌握吃能量球能提升力量的方法）
第142集：史上最坏的波克比！
第143集：成都之节！菊草叶与小锯鳄登场！！(小光得到蛋孵化出火球鼠，琴音与和也暂时加入）
第144集：迷宫攻略!?谷间发电所！
第145集：圆陆鲨…收服到了！(和也收服到圆陆鲨）
第146集：神奇宝贝华丽大赛！睡莲大会!!（小光华丽大赛失败，小次郎代替武藏参赛，武藏获得第三个缎带勋章）
第147集：小智与小光！双打对战!!（和也的小锯鳄进化成蓝鳄，蓝鳄学会水炮）
第148集：梦妖和黑暗鸦与暗之石！！
第149集：皮卡丘和波加曼分开了！！
第150集：红之锁链！银河团起动!
第151集：亚克诺姆·由克希·艾姆利多! （精灵猎人J下落不明）
第152集：迪亚鲁加与帕鲁奇亚!最后的战斗!（银河团老大赤木进入新世界，三干部被捕）
电系道馆（153— ）
第153集：危险满满！小次郎的百宝箱!
第154集：空中对战大师登场！天蝎王对抗巨钳螳螂!（小智的天蝎王学会超级冲击，天蝎王留在米赞那锻炼）
第155集：双打比赛!象牙猪与火球鼠!!
第156集：圆陆鲨与龙星群!（圆陆鲨学习龙星群）
第157集：收服到圆陆鲨了!!（小智收服到圆陆鲨）
第158集：爆走！自爆磁怪VS巨金怪!!
第159集：急冻拳！泳气鼬对抗吸盘魔偶!!（小智的泳气鼬学会急冻拳）
第160集：燃烧吧卡比兽！神奇全能的王者!!
第161集：开幕！神奇宝贝华丽大赛·朝月大会!!
第162集：双打比赛!VS正电拍拍・负电拍拍!! （小光得到第五个缎带勋章，获得参加华丽庆典的资格）
第163集：爆裂进化！烈焰猴!!（小智的猛火猴进化成烈焰猴）
第164集：波加曼走散了！（小光的波加曼学会高压水泵）
第165集：四天王大叶与道馆训练家电磁！
第166集：进发！滨海塔!!
第167集：海边的神奇宝贝学校!
连载中……
第48集 猫鼬斩对抗饭copy匙蛇，宿敌大对决!
小智等人向着秋叶镇的方向旅行，与曾经在某个森林认识的短裤少年阿奇重逢。阿奇自从上次跟小智告别后，也到橙华道馆挑战过。因为挑战失败的关系，现在正在这个森林修行。小智等人决定陪阿奇修行一阵子，但是在战斗中，阿奇的猫鼬斩状况显得很不正常。原来它是察觉到了藏在树丛中的宿敌，火箭队的饭匙蛇的气息。两只神奇宝贝立刻一知场死斗。论实力，是饭匙蛇占上风。眼看猫鼬斩快被打败，小智派出龙虾小兵加入助阵，停止了道一场恶斗。但是，猫鼬斩想一决胜负的斗志更加旺盛，于是第二场生死搏斗又开始了。到底胜负将会如何呢？
DP51.小火焰猴VS猫鼬斩！命运的对决
智爷的树苗龟和真嗣的小火猴对战巨金怪与猫鼬斩，巨金怪被小火猴烧死。
DP117.火箭队解散!?
闪光的巨金怪出现
DP158.失控！自爆磁怪VS巨金怪!!