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首先最重要的一点，就是楼主一定要去看原作小说，包括本篇七章还有未来福音。
然后，前面大段大段的已经有人说了，我就说一下楼主不明白的那些，希望楼主不要说我剧透= =（因为很多东西要等在《杀人考察下》里面才能全部明白）
1、两年前死的却是是织，在被车撞的一瞬间是织抢夺了身体的控制权，于是织死去（就是意志消失了）
2、袭击式的尸体其实一开始不是尸体，而是类似亡灵的存在（？）橙子在离开式的房间的时候不是有贴个护身符么，那是防止亡灵进来，于是亡灵进驻一个尸体里面来了。目的就是荒耶那老和尚想占据式的身体，因为式的身体已经连通的根源，在矛盾螺旋那张里面有尚可的解释的。
3、织是一个男性人格，式是一个女性人格，这点从两人的自称就能看出来，织是用男性自称的（当然，汉语是分不出来的╮(╯▽╰)╭）织的人格出现次数比较少，简单的说有种戏谑的情感。式的话严格来说有些轻微自闭症吧，毕竟在双重人格下对待为人处事总是不熟练的。而且原作里面有说，因为干也的出现，使得织和式的两人平衡打破，式不得不杀e68a84e799bee5baa6e79fa5e98193332了他，这一点也可以证明式对于外界的那种恐惧。
具体的我身边没有小说，无法说的更明白，而且楼上一些人的回答也很好，希望对你起到解惑的作用。毕竟，能花费心思和时间去认真理解蘑菇的月世界的人我身边太少了╮(╯▽╰)╭
昏迷将近两年吧？小说版里是车祸，她自己撞上去的，但剧场版里面好像又不同了。
小说中大概是这样描述的：
有个杀人狂（什么学长的，不记得了）在两年前有计划的在式经过的附近杀人，式体内的织感觉到危机自动觉醒了，他追踪到杀人现场，杀人狂已经跑了（每一次都是这样重复，这是杀人狂的阴谋）。
织找不到杀人狂，危险消失那他便继续沉睡换式苏醒。于是在式醒来时便发现自己手上染血站在杀人现场，也就认为自己便是杀人狂。（也因为有这种想法，她会为了阻止自己不杀干也选择自杀。）
车祸后织代替式死去，两年时间里杀人狂没有任何行动，因为他受到了荒耶宗莲的警告只好罢手，荒耶宗莲认为他是为了杀人而杀人和式是本质不同的，在荒耶宗莲眼中他只是个失败的实验品，但也不允许他来破坏自己的计划，警告之后便放任不管了。
在荒耶宗莲被打败后（貌似没死，小说中他说没为自己准备身体，要再发上几百年时间，就是说他还会复活的。）杀人狂继续自己的计划，为了等荒耶宗莲死去，他隐忍了两年，便有后面的故事。
另外荒耶宗莲意志非常坚定，在与苍琦的对打那段小说里有很长的对话，剧场里也改动了。他说为了实现自己理想要与全世界60亿人为敌包括他自己（小说原话不记得了），苍琦被杀前发现了这话的破绽，（荒耶宗莲的意志强大到打败其他60亿人，但他意志越强烈而他要打败的那个自己也越强，于是产生矛盾了，他连自己也要打败那他自己便要变得越强，他自己越强就越难打败他自己）
有一段是苍琦复活后杀死魔术师之前，魔术师惊恐的说道：你们（指苍琦和荒耶宗莲）都是怪物，不该和你们一起e799bee5baa6e58685e5aeb9338的。而魔术师在追杀干也时受到了苍琦的某种催眠，使他将一块木板当做干也狂踢了数小时，不然等苍琦赶到干也早死了，（剧场版里改动了，要知道苍琦从眼睛被捏碎，新的人偶赶到建筑内就算坐车也要不少时间，而魔术师已经在追杀干也了）。
看小说吧，小说好看多了，更严谨
两仪式的人格有三个。
她的肉体起源是空，对应无限的有限，也就是世界的一切原点。代表的是无限而有限大的存在，最接近根源的存在。
而两仪家族用这个方法的的确确接近了根源，产生了根源式，根源式诞生之初，她没有真正的人性，自身不存在生存的理由。
所以两仪家族为两仪式创造灵魂人格的时候，她辅助制造了两仪式和织。
每个两仪家族的人都有杀人冲动，他们家族是世世代代如此改造的，让后代起源达到空，然后觉醒，两仪式是最终成就罢了。
杀人冲动让织来承担，保证主人格的干净。而起源觉醒带来的魔法天赋是共有的，以主人格压制辅人格，但是织为了两仪式死了e68a84e799bee5baa6e79fa5e98193331，于是杀人冲动直接让两仪式单独承担不说。
她还出现了一个心灵空洞，本来两者互相喂整体承担一个心灵，而织死了，她就要独自面对起源的冲动，这就是珈蓝旋涡。
代表无限的冲动，大概就是‘生命无意义，生存无意义’唯有让‘生命万物归于死寂’才能感受到安宁。
提亚马特是生命之母，代表混沌的原始兽性。
她爱万物，爱人类，但同时希望人类依照她的愿望，生于她，死于她，回归，诞生如此循环，这是生命之海最原本的规则，她无法阻止。所以众神去打败父神时她没有阻止，她希望人类独立，同时又本能的不希望人类离开。
提亚马特具备人性，神性，兽性。被封印也是，后面被洗白了，也就是人性理解，知道自己的行为是错误的，所以实际上是主动被封印的。
但是心里依旧对儿女的背叛而悲恸，以此为原点诞生了兽性。也就是回归之兽。
这个循环是毫无意义的，至少是抹杀人理的！所有兽性冲动最终会诞生人理的抹杀，
但是这和人是冲突的，同样的根源式在身为人而存在的同时，获得了‘人格’她并不想单纯的依照什么，对于她来说，世界就是毫无意义的，包括诞生本身，只不过没有‘死’的理由。于是活着，否则她会成为永生者，她没那么选择，就是因为无所谓。
所以根源式也会有冲动，和兽性相同，两仪式具备兽性一切特征。
无法自控的冲动，起点并非纯粹恶性，而是人类美好追求的极端化。拥有单独显现的能力，所以有推测她也是兽性之一。
虚无的兽性，有一本书就是假设‘解脱之兽’是两仪式的同人，我感觉很靠谱。
这就是两仪式杀人的原因。
她原始起源的兽性，想要人类解脱物质之苦，终结一切轮回，万物归于虚无的冲动。
两仪式就是受此驱策都想要杀人，但是因为人性而排斥。
兽性不是必然觉醒的，第四位就是‘灵长动物杀手’对人类拥有绝对猎杀权的黑猫，只不过她没有彻底觉醒兽性，依旧有生灵特质，并没有真的灭世冲动罢了。
现在已知的兽性有了五个，分别是盖提亚（所罗门七十二住神，反召唤代表怜悯的理性）提亚马特（原初的海水，回归混沌的理性），杀生院祈荒（反救世主，爱欲冲动，本是有成为佛陀的天赋，成觉者的存在，但是只追求个人喜好而成魔的人。爱欲的理性），灵长类杀手具体属性不知，还有一个没出现的反弥撒亚，对应的是反神灵恩典。
特点，初衷都是好的。这七个存在初衷都是人类的美好追求达到极端的体现。
一个出现必然会产生连锁反应。
提亚马特的本质是母子的关系，母亲希望子女能独立，但又不希望他们离开，同样子女也必然希望有一个安宁之所，故而又回归冲动。
盖提亚，是怜悯因为所罗门制作了七十二魔神，是辅助人理的，但是所罗门看见了世界的终末人类本性的丑陋之处，然后发现自己无法解决，于是放弃了永生选择死亡，并且将七十二魔神封印在躯体内。
七十二魔神是他的魔术，本身就有‘拯救人类’的本质是必须的，为此想方设法，而所罗门死了，他们的理念没有了控制，但是目的必须达成，于是突破了封印在所罗门的躯体内扭曲成了盖提亚，进行人理烧却。因为他们疯狂了，认为人类不可救赎，必须重新制造‘完美的人类’他则是地球绝对UO。
杀生院祈荒，是邪教信徒，但是真的达到了一个境界，想要全世界都进入自我欢愉，追求自我愉悦的境地里，也是有自己的一套歪理邪说，不过更加纯粹恶性一点罢了。遵从的是爱欲，爱是无错的，但是她是从爱诞生的‘欲’并且疯狂追求。
觉者救世主，也就是佛祖，追求的是真正的爱，而她代表的是欲的追求。
同样，灵长类杀手也是诞生于人类对世界疯狂的渴求与掠夺，本质上是为了更好的生存而诞生的扭曲之理。
两仪式的冲动也差不多，只不过和盖提亚等人，唯一区别是。
她是从起源产生的人格冲动，渴求人类的彻底解脱。
回归正题也就是，两仪式的冲动是站在根源的角度，去看待人类的一生太过悲哀，看待万物都太过悲哀，如此痛苦，如此无意义，不如回归绝对的空。
两仪家致力于创造出双重人格——即有两个「伽蓝之座」的后代。一个魂就对应着一个魄，所以两仪式同时具有两个魂和两个魄。式的起源为阴，肯定和生；织的起源为阳，否定和死。而二者相生相杀，所以两仪这个存在的起源为被二者中和后的虚无。即：两仪的起源为「 」。肉体是无法思考事物的，两仪家拥有让「 」存活的技术就是赋予「 」知性，而这个知性便是所谓的根源式 。
一个身体里一般是不可能出现两个魂的，而两仪式并非真正拥有两个魂，式和织所拥有的魂其实是相同的，只是式通过其“肯定”的起源表现出善的一面，织则通过“否定”表现出恶的一面。如此便可以把同一个魂分割为两部分，而两部分却又是一个整体：正像太极一般。
织死去后式就失去了再确认织的记忆的能力，所以织部分的记忆都被遗忘了，直到忘却录音章节才得以取回。这也象征着两部分的独立性。
在雨夜竹林的最后，织害怕式把他的梦想破灭，于是反转了身体的控制权撞向了疾驶的汽车……
两仪这个存在确实死去了，但又确实产生了新的矛盾：一次的死亡只能消耗一次的魂魄，而同时拥有两个魂魄的两仪无法完全死去或生存，式和织一起徘徊在了生和死之间——既不选择生，也不选择死。
不过最后，织为了完成他的愿望而选择了死亡，于是矛盾化解，式的意识回到了表层。但是，在死亡的边界线上，两仪式同时满足了具有魂，魄，死亡的这个苛刻条件。本来不能理解根源的魂和没有智慧的魄在这期间同时见证了死亡的境界。于是，「直死之魔眼」就通过她两年来对死亡的理解而表达出来。
然而，「直死之魔眼」并不是式最重要的部分。同时具有两个魂之座的她在织死去的时候产生了一个「伽蓝之洞」
而根源便被复刻在太极之间。所以，式获得了能够通过根源直视事物本质的能力。无论是多么复杂的事物，都可以被她直接了解。并非是真正的认识，而是可以像查阅书本一样直接获得视野中的真理，硬要命名的话那应该是真神之书。根源本身只是庞大的知识而已，所以可以通过「伽蓝之洞」来窥视根源。然而可惜的是，当「伽蓝之洞」被填补后，这一能力最终也就会消失。
不过这也是有代价的：当获知了巨大的知识后，作为人而言就会逐渐失去做为人类的自己，式因此而失去了活着的实感。人所能够持有的根源是有限度的，一旦超过了限度，人就会舍弃作为人的意义。过去真正到达根源的人，在那一瞬间就变为了人类无法理解的东西。人类都是上帝咬了一口的苹果，尽管那一口的缺失各不相同，但归根结底一个人能持有的根源不能超过那一个苹果，一旦超过，那时便不再是人类了。穷极神秘的魔术师不是变成了死徒要不就成了魔什么的，已经司空见惯了。
在空之境界的最后，经历了真正的属于自己的人生后。「伽蓝之洞」最终被填满，式慢慢恢复了生存的感觉，从真神之书中解脱出来（当然，直死之魔眼是不会消失的）。可是，在这过程之中，却发生了另外一个奇迹。「伽蓝之洞」被填满的过程中，产生了应对第二个被根源占据的魂之座的魄。于是，本来只是庞大知识的的根源竟然整个做为一个魂，与新形成的魄结合成了一个生命。借用式的个人特征得以显现在人间e799bee5baa6e78988e69d83362。
然而，其实这才是两仪家最根本的目的。比魔术师更早更可行的到达了根源的境界。
根源式终究也只是落在人间的神，在显现在凡间的瞬间就是凡间之物。根源的程度假如分为未到达和能到达的零与一，那么她就算无限接近于根源也只是停留在零。根源本身是静止的，不作为的。尽管根源式没有主观的有所作为，但是在她能够有所作为的时候就不是无作为的存在了，那那一瞬间就由一到了无限接近的0.9999循环。不过无愧于世界最接近根源的存在，她在人类的范畴里已经等价于万能。
根源式可以说是真正的许愿机。Fate中的圣杯只是空有庞大的魔力，而却只持有“全部的人类之恶”这一点点根源，所以根本没有什么实现愿望的方法。与此不同的是，根源式是整个世界一切发现的与未发现的真理与知识的集合，拥有实现一切愿望的方法和力量。好在持有根源的人都会因为熟知世间之事而失去了自己的愿望，她能够做的事情只有实现他人的愿望而已。而且能力主要体现在重组世界的她，将世界推倒重来在实际操作意义上是等于0的，战斗总要守护什么，而推倒重来连守护的东西也被重来了，这从本质上来说是没有任何意义的。即便如此她还是问了干也的愿望，而我们的抑制力全开的好男人干也，一句“我什么都不需要”就把她赶回老家结婚了。
可喜可贺，可喜可贺。结果，这个“真圣杯”最终也没被许下愿望，该说是TM社的一贯风格吧。
顺带一提：目前明确可知的接近根源的人有三名：包括「真神之子」所罗门，「伪神之书」玄雾皋月，「真神之书」根源式。所罗门的神性必然与根源有关，玄雾皋月可以自由阅读和操控阿克夏记录，而根源式就直接是根源的具现了。他们共同的特点就是，只能实现别人的愿望。 （玄雾皋月甚至为了实现妹妹的愿望而甘愿领死，实在可惜)
转自TYPE-MOON世界观与灵魂观 & 「直死之魔眼」深度解析