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1996年，游戏软件大厂Square和Enix（目前两公司已合并）e799bee5baa6e4b893e5b19e365宣布离开任天堂，转加入Sony，改为PlayStation开发软件。
1997年1月，SEGA为了抵抗声势日渐壮大的PlayStation，于1月27日宣布与著名的玩具及游戏软件制造商BANDAI进行合并，双方商订于1997年10月1日合并，震惊了整个日本游戏界。
5月，忽然传出了SEGA与BANDAI合并契约书延期至7月的消息。到了5月27日，SEGA与BANDAI举行联合记者会，宣布合并取消。当时的SEGA社长中山隼雄对这次事件表示非常失望，他说：“我做梦也没有想到合并会取消。”。之后，SEGA立刻推出了他们新的钓鱼游戏，多少缓解了一些压力。
这次合并对于双方来说都是有利的，BANDAI可以不用破产，而SEGA则可以得到BANDAI多年以来各动画的版权以及游戏生产，实力足以抵抗Sony加上Square和Enix的强大声势。但BANDAI因为电子鸡的大卖，一解决财务问题就立刻和SEGA取消合并。虽说SEGA和BANDAI合并是对自己也有利，因为1996年SEGA本身也因为街机市场失利而经济情况不佳。而BANDAI本来就不愿意合并，既然解决财务问题当然就不需合并了。
最后，SEGA Saturn开始一蹶不振。由于3D游戏风行，突显出SEGA Saturn糟糕的3D处理能力。另外，SEGA Saturn主机本身设计的不平衡，使得2D游戏表现远远超过当时最为流行的3D。当SEGA在1998年5月宣布推出新一代主机Dreamcast时，宣示了SEGA Saturn的失败与PlayStation的胜出，也使游戏机进入了新世代（第六世代）。 2003年2月，SEGA宣布将与日本柏青哥大厂Sammy合并。但是，中间却遇到日本另一家游戏大厂Namco的阻扰而宣告破局。之后SEGA也排除与Namco、Sammy的合并计划，甚至进行大规模的公司改组。但Sammy最后还是在2003年11月底，通过收购原本CSK集团所持有的SEGA股份，买下20%SEGA股权而成功成为SEGA最大股东。
2004年10月，SEGA与Sammy将业务合并成立共同控股公司SEGA Sammy Holdings，SEGA与Sammy则成为该控股公司下的完全子公司。
Sammy想要并购SEGA的原因，就是希望能通过SEGA的游戏研发能力，加速Sammy在游戏产业占有一席之地，所以Sammy也从不放弃任何能入主SEGA的机会。从2001年宣布接收SEGA研发Dreamcast主机的所有技术而自行研发新街机机板Atomiswave，以及2003年初的SEGA Sammy合并案，到2003年11月底Sammy宣布以432亿日币，从CSK集团全数收购SEGA股权成为最大股东等动作，都表现Sammy旺盛的企图心。 回顾SEGA几个部门的发展历史，在2000年时SEGA为了让旗下的九个游戏开发部门都能独立成长，曾将这九个部门独立成为九家子公司。不过在2003年6月SEGA又进行高层组织改组，并宣布了针对旗下九家子公司进行合并改组，演进如下显示：
第一开发部WowEntertainment（原AM1开发部）、第七开发部Overworks两家合并成SEGA WOW
第二开发部SEGA-AM2维持不变，仍然是SEGA-AM2（社长 铃木裕另外设立新公司Digitalrex）
第三开发部Hitmaker、第五开发部SEGA Rosso两家合并成Hitmaker
第四开发部Amusement Vision、第六开发部Smilebit两家合并成Amusement Vision（部份人力成立Smilebit投入运动游戏开发）
第八开发部Sonic Team、第九开发部United Game Artists两家合并成Sonic Team
原音效开发部门Wave Master维持不变，仍然是Wave Master
不过在2004年7月1日，SEGA这几家子公司，都因为SEGA与Sammy合并而全部回归母公司。SEGA也将公司内超过1000位的游戏研发人员全部打散重新编排，重新组成游戏研发团队继续开发游戏。
不过在Sammy入主SEGA后，引发了SEGA的离职潮。2003年10月SEGA制作人水口哲也宣布离开SEGA。之后，中川力也跟着宣布离开任职20年的SEGA。
CAPCOM；
NINTENDO任天堂；
BUNGIE；
BIOWARE；
Criterion Games；
动视暴雪；
Infinity Ward（现在属于暴雪了）；
,Ubisoft Montreal(育碧)
AM2这是SEGA专门研发大型电玩的部门。除了AM2，尚有AM1及AM3。AM2制作的游戏都大受zhidao欢迎，如Virtua Fighter(VR战士)系列，Virtua Cop(VR战警)系列，DAYTONA USA及Scud Race(超速赛车)。几乎每一间游戏机中心都会有SEGA出的大型电玩游戏，而且差不多每部都是AM2的出品。而AM2的核心领导人就是铃木裕，他是内享誉日本与美国的著名游戏设计者，容世嘉DC上的《莎木》系列就是出自这位大师之手。正因为有AM2研发部，才使得SEGA建立了在大型电玩领域上的金字招牌。