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在1486年的意大利文艺复兴时代 游戏《刺客信条2》壁纸，地点在威尼斯、佛罗伦萨以及托斯卡纳。玩家依旧是操作戴西蒙德的祖先，本次的祖先名叫艾吉奥。艾吉奥出身贵族，但是没多久他就被卷入了他人对他家族的阴谋中，于是他决定找阴谋策划者复仇。在艾吉奥的任务中，他将要面对强大的Grimaldi家族，这个家族也就相当于今天黑手党的前身。除了要对抗Grimaldi家族的成员，我们知道圣殿骑士团也会回来。作为敌方重要角色的Carno Grimaldi，在威尼斯当地可谓有权有势。很显然，这个家伙身边保护重重，而他对自己过于自信也是他失败的原因 。
现代：2：戴斯蒙被发掘了阿泰尔记忆后看到17号对象留下的记号，然后有一天潜伏在Abstergo的刺客lucy（1代的助手，双重间谍）帮助他逃出公司来到刺客的据点，在瑞贝卡和肖恩的指引下使用Animus 2.0开始E叔剧情，在得到金苹果打败罗德里格-波奇亚时候，Abstergo的博士带着小弟找到了据点，戴斯蒙杀掉了打手，刺客们商议决定转移到意大利的蒙特利欧庄园。
兄弟会：主角一行来到E叔家族的庄园，启动了这个荒城里的电力系统并在地下室进行金苹果的寻找，最后找到了金苹果位于罗马竞技场下面，主角一行人找到以后被藏匿其中的朱诺控制，戴斯蒙杀死了被朱诺识破身份的lucy并晕过去了。
启示录：戴斯蒙醒来发现自己在Animus岛，17号对象的灵魂告诉他因为过度使用Anims戴斯蒙的精神和阿泰尔、艾奇奥的混合了，必须进入Animus找到2个古代灵魂的结局才能保证正常。在戴斯蒙找到前，Animus的自我保护程序要删除戴斯蒙的代码，17号牺牲自己为戴斯蒙争取了机会，在醒来后他看到了自己的父亲，一个刺客。同时他们到了“避难所”。
3：戴斯蒙进入了避难所并以此为据点，他在animus中寻找“钥匙”。肖恩和瑞贝卡负责寻找避难所机器的动力源。期间戴斯蒙前往巴西、意大利等地取回了动力源并找到了打开避难所的方法，在朱诺和米涅瓦的抉择中选择了朱诺牺牲了自己拯救了地球（朱诺让戴斯蒙救世，同时解放了被她自己封印起来的自己，米涅瓦主张放出朱诺救了世界也徒劳）。
古代：2：花花公子E少一直过着土豪与恶霸集合的日子，没事打打架泡泡妞，而他爸爸则是一个银行家，实际上是个刺客，接着，西班牙人罗德里格-波奇亚来到了意大利来寻找伊甸圣器并瓦解意大利的兄弟会组织，E叔一家人成了牺牲品，在被父亲的朋友出卖下，E叔带着母亲和妹妹逃出了弗洛伦萨回到了家族庄园，在叔叔的帮主下手刃仇人帕奇家族和叛徒，扶植了美蒂奇家族的统治。后来了解到自己的父亲的身份和仇人的身份，他追着线索来到了威尼斯，粉碎了罗德里格的阴谋，加入刺客兄弟会，随后瓦解了弗利城的危机，杀死了心术不正妄图使用金苹果控制弗洛伦萨的僧侣，最后潜入梵蒂冈刺杀成为教皇的罗德里格-波奇亚，最后打败了他，但是罗德里格凭借伊甸圣器逃走了。
兄弟会：罗德里格逃走了，E叔回到了庄园准备好好过日子，但是罗德里格的儿子：凯撒带领教廷的军队进攻庄园，杀死了马里奥，俘虏了卡特琳娜-斯福里，射伤了E叔并将庄园焚毁。E叔在安顿好父母和居民后只身前往罗马寻求刺客盟友：马基雅维利的帮主，马基雅维利指引他重建罗马的刺客兄弟会并且一步步瓦解波奇亚的势力，E叔在行动中获得了极高的声誉，并救出了卡特琳娜。刺杀了教皇的次子胡安-波奇亚等重要任务。后来在一次潜入圣天使堡中目睹罗德里格和凯撒父子因为权力起仇，凯撒杀死父亲的场景，在凯撒离开后E叔将袖剑刺入罗德里格的喉咙完成了复仇，心死的卢克蕾奇娅将金苹果位置告诉了E叔，同时凯撒因为失去了教皇父亲，教皇军不再听命于他，在意大利失去势力后他率私军进攻西班牙，在大战中被E叔丢下城墙摔死。
启示录：E叔复仇后从父亲笔记中得知阿泰尔在位于马西亚夫的刺客要塞里有个图书馆藏了他一生从金苹果里得到的知识，于是决定只身前往，中了圣殿骑士的埋伏被俘，脱困后从建筑公人那里得知需要5把钥匙才能开门，其中一把钥匙的线索在逮捕他的圣殿骑士长手里，夺得线索后E叔来到书里的线索来到伊斯坦布尔，途中结实王子苏莱曼和索菲亚女士，上岸后收到刺客据点统领尤瑟夫的欢迎，在伊斯坦布尔期间E叔学会了炸药制作和钩刃使用（他带回了意大利），帮助尤瑟夫夺回刺客据点训练刺客，发掘尼科洛-波罗的秘密，探寻遗迹获得了5把马西亚夫钥匙，探寻了刺客信条1后阿泰尔的故事直到阿泰尔过世。期间帮助苏莱曼王子维护苏丹政权稳固（苏莱曼当时支持刺客组织，但是上台后将土耳其境内刺客捕杀一空）。在遭到苏丹次子，苏莱曼的叔叔达理坶背叛，导致尤瑟夫身死、索菲亚被绑架，许多刺客兄弟丧命后，E叔宣布兄弟会高调复仇，在救下索菲亚后追击达理坶到城郊，随后苏丹驾崩，新的苏丹——苏莱曼的父亲到来将弟弟推下山崖并宣布永远驱逐E叔。E叔 回到马西亚夫打开图书馆，拿到了阿泰尔的最后一个钥匙并对阿泰尔的遗骨做了安息祷告，在阿泰尔的金苹果前卸下装备结束刺客生涯，并通过Animus向戴斯蒙传达信息。（后续剧情在动画刺客信条：余烬里有）
3：说真的，我觉得3就是先是海尔森一直杀叛徒，然后收了个查尔斯-李，然后就是康纳7a686964616fe59b9ee7ad94335去找老头训练，然后去刺杀焚毁他部落的主要人员，顺便帮美国实现独立了，最后在查尔斯-李的方面产生分歧，康纳杀死了自己的父亲——间接害死自己母亲的人，随后追杀查尔斯-李，最后在一间酒吧手刃仇人回到了师傅的庄园。没有2代那么引人，更主要的是圣殿骑士和刺客的界限非常模糊，圣殿骑士内讧、刺客也内讧。
首先Ezio和他的父亲Giovanni的敌人是教廷的教皇亚历山大六世（刚开始的时候还只是个红衣主教），即游戏和电影中穿黑斗篷的那个人。
1）这个内容在游戏和电影中都没有具体说明，应该是他从教廷的人身上搜到的
2）他也是佛罗伦萨的一名贵族，Medici的手下，确实是统一战线抄的，但是为了个人利益暗中投靠了教廷并为他们服务，在亚历山大六世等一众贵族的密谋下设计捉住了刺客Giovanni
3）因为他投靠了教廷，所以这里是故意不让Medici他们知道内容，推说破译不了，然后出主意要他们送还信件
4）那个带兵的是马飞神父，他就是那个破译信件的神父，由此可见他是在胖子的授意下带兵搜查Giovanni的家，而且从后来游戏中也可以看出，当时Medici并不知情，从他说如果当时知道一定会出手相救的可知
综上，胖子是被教廷挖墙脚挖过去的家伙，也就是贵zd族联盟的叛徒，所以他所做的一切都是为教廷服务的