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苗木他们出来以后，经历一些困难，被未来机关的人发现并救了。苗木等人认同未来机关的观点，于是就加入了未来机关。而二代的主角们（除了七海）都是绝望残党，在苗木经历一代的事情时，他们无恶不作。之后，未来机关的误会认为他们是幸存者，调查后发现了他们的真身份，就下令杀了他们。但是，苗木拒绝这么做，就把二代主角（同上）带到一个岛上。苗木想利用岛上装置挽救二代众。通过装置使他们的精神进入该装置所构造的虚构世界。同时，装置所重组的精神，将学院期间的记忆删除了。苗木还派出了两名监视者，一个是七海，一个是兔美，本来想让二代其他人在虚构世界里过美好的生活，但是，在带来的二代众人中，神座出流（日向创）带着盾子的ai。所以病毒就改变了虚构的世界，出现了黑白熊，像1代一样自相残杀。经历一系列残杀后，在最后，苗木终于能进入该世界，并带上雾切和十神，学籍裁判逼出了盾子（ai），盾子告知二代幸存者都是绝望残党，一系列发言，使这些人混乱，但最后日向创醒悟要创造自e799bee5baa6e997aee7ad94e58685e5aeb9333己的未来。战胜盾子，离开了这个程序，苗木三人是去未来机关解释二代的事情，而有日向记忆的神座则留下来继续照顾未苏醒的同伴。弹丸动画3未来篇讲的就是之后苗木面临的事情，绝望篇则是讲2代在学园的事情，是弹丸系列最早的。。。纯手打，，详细剧情最好玩或补游戏实况，b站有。。。。弹丸系列时间轴 绝望篇――1代游戏（动画）――绝对绝望少女（苗木妹妹的故事）――2代游戏――未来篇 （注：没算上小说） 可能会有点bug...
。。。你还不如上攻略网看全剧情。。。弹丸游戏的剧情量可不少
第三话九头龙没有死，但是瞎了一只眼睛。所有人里有几个人感染了绝望病，西园寺和澪田唯吹被杀，罪木是犯人，动机是罪木感染了绝望病，黑了。第四话武大被改造成了机器人，然后在葡萄塔和草莓塔里被从电梯上推下摔死，犯人是田中眼蛇梦，动机是黑白熊告诉大家如果没有人死就不能从塔里出去，大家就会断粮而死。第五话狛枝凪斗自杀，巧妙的利用自己的幸运陷害了未来机关的内奸——七海千秋（七海是好人为保护大家才挺身而出），七海被处刑。狛枝凪斗的动机是知道了主角一行人就是超高校级绝望的残党想要杀掉所有人，但众人并不知情。第六话世界崩坏，主角一行人被转移至希望学院空间里，并调查了事件的来龙去脉，未来机关其实是与黑白熊事件的黑幕——江之岛盾子对立的人们成立的机关，而主角也知道了自己就是江之岛盾子的手下（或者说被利用），来到这个岛上其实是一个洗脑程序，原定计划是把他们由坏人变成好人，所有的岛上的一切都是假象，但由于死掉的人是脑死亡，应该没法救活了，岛e5a48de588b6e799bee5baa6335上的黑白熊就是所谓的病毒，而黑白熊是江之岛盾子（超高校级的绝望，一代的boss，已死）所操纵的。最后学级裁判的时候盾子出现，妄图对主角这几个人植入自己的思考程序（alter ego），也就是把他们都变成盾子。但是关键时刻苗木诚雾切十神出现，告诉主角们就算出去也不会被当做罪犯而是受到保护，但是主角一行人还是犹豫不决，最终在最绝望的时刻日向创回忆起自己就是被改造的全知全能的神座出流，并且冥冥之中受到七海（其实是程序）的指引，明白了自己的未来要自己开创这一点，于是带领大家一齐打败了盾子，破坏了病毒程序。
最终日向一行人选择留在了岛上，而苗木一行准备回未来机关。故事到此就结束了。
还是去b站看视频比较好比较全面。