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第三话九头龙没有死，但是瞎了一只眼睛。所有人里有几个人感染了绝望病，西园寺和澪田唯吹被杀，罪木是犯人，动机是罪木感染了绝望病，黑了。第四话武大被改造成了机器人，然后在葡萄塔和草莓塔里被从电梯上推下摔死，犯人是田中眼蛇梦，动机是黑白熊告诉大家如果没有人死就不能从塔里出去，大家就会断粮而死。第五话狛枝凪斗自杀，巧妙的利用自己的幸运陷害了未来机关的内奸——七海千秋（七海是好人为保护大家才挺身而出），七海被处刑。狛枝凪斗的动机是知道了主角一行人就是超高校级绝望的残党想要杀掉所有人，但众人并不知情。第六话世界崩坏，主角一行人被转移至希望学院空间里，并调查了事件的来龙去脉，未来机关其实是与黑白熊事件的黑幕——江之岛盾子对立的人们成立的机关，而主角也知道了自己就是江之岛盾子的手下（或者说被利用），来到这个岛上其实是一个洗脑程序，原定计划是把他们由坏人变成好人，所有的岛上的一切都是假象，但由于死掉的人是脑死亡，应该没法救活了，岛上的黑白熊就是所谓的病毒，而黑白熊是江之岛盾子（超高校级的绝望，一代的boss，已死）所操纵的。最后学级裁判的时候盾子出现，妄图对主角这几个人植入自己的思考程序（alter ego），也就是把他们都变成盾子。但是关键时刻苗木诚雾切十神出现，告诉主角们就算出去也不会被当做罪犯而7a64e78988e69d83335是受到保护，但是主角一行人还是犹豫不决，最终在最绝望的时刻日向创回忆起自己就是被改造的全知全能的神座出流，并且冥冥之中受到七海（其实是程序）的指引，明白了自己的未来要自己开创这一点，于是带领大家一齐打败了盾子，破坏了病毒程序。
最终日向一行人选择留在了岛上，而苗木一行准备回未来机关。故事到此就结束了。
还是去b站看视频比较好比较全面。
假死，游戏里他们的精神被传入到新世界程序中，本来准备帮二代百众洗脑，让他们变回绝望残党之前的样子。但是后来程序受到入侵，江之岛盾子的AI进入到新世界程序中，造成二代众互相残杀。在新世界程序中死掉的人，现实里会进入永久休眠状态，无法醒过来。狛枝凪斗在新世界程序里故意设计让人杀掉自己，想度让所有人在学籍审判中选不中凶手，已达到全灭绝望残党的目的（二代众现实里都是绝望残党），现实里进入休眠并没有死。
在动回画里，神座出流（原来叫日向创，被改造成了超高校级的希答望，集合了所有超高校级的能力）从新世界清醒之后，把二代中在新世界程序里死亡而休眠的二代众全部唤醒。所以狛枝凪斗后来又出现去帮助一代的主角们。
含剧透
都没说到点子上。首先认清两点事实：
1、狛枝凪斗是希望厨，所做一切都是为了希望。
2、二代游戏中16个人有15个人是绝望残党。
第四章时，通过玩命，狛枝凪斗知道了“二代这一届16个人里有15个人是绝望残党”这件事。身为希望厨的狛枝凪斗肯定不乐意，于是准备搞事。
他首先第四章捡到的毒药灌到一瓶灭火弹中，放在了工厂里。这时候他恐怕已经决定在工厂旁的仓库里殉教了。
他通过笔记本电脑引来其他人，这时候他已经在仓库里折磨自己至濒死状态（不幸，可能是为一会的幸运做铺垫）了。终里推开门触发了狛枝凪斗制作的机关，仓库着火了。其他人肯定想着灭火啊，于是就去取灭火弹。
他利用了自己“幸运”来完成自己的计划：
15个人里有一个人代表希望，而这个代表希望的人就会“幸运地”去拿到这个有毒的灭火弹杀死自己。他把一切做的天衣无缝，在后来的学籍裁判中，日向等人无法找出真凶——也就是希望，于是他们都会被黑白熊处刑。就这样，绝望全都死掉了，希望活了下来，这就是他的计划。
可惜日向看穿了一切，他透过现象看到了本质。在学籍裁判中从“寻找凶手”的思路转换为“寻找希望（黑白熊口中的内奸）”，最后发现七海e68a84e8a2ade79fa5e98193361千秋就是希望的象征。于是七海就被处刑了。
说句题外话（私货），七海被处刑也有黑白熊的主观意愿在作祟。日向等人为了活命而替黑白熊找出了这个新世界程序的观察者，也就是代表着希望的七海。但是换句话说，七海为了让大家活下来才主动站了出来，接受了处刑。小天使实至名归。
纯手打，鄙视直接复制粘贴知乎的那位