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除了X/Y,终极红宝石/始源蓝宝石也可以mega进化。超进化（日文︰メガシンカ，英文︰MegaEvolution）是一种首次出现在第六世代，只发生在对战过程中的暂时性进化。然而并非所有的神奇宝贝都能超进化，这种进化目前仅出现在特定的神奇宝贝身上。神奇宝贝终极红宝石（日文︰ポケットモンスターオメガルビー，英文︰PokémonOmegaRuby）和神奇宝贝始源蓝宝石（日文︰ポケットモンスターアルファサファイア，英文︰PokémonAlphaSapphire）是第六世代的复刻版本游戏，这两款游戏是红蓝宝石版的复刻版本。2014年5月7日，神奇宝贝官网火速速报即将于e68a84e799bee5baa6e79fa5e981933372014年11月全球发售神奇宝贝终极红宝石和始源蓝宝石版，包括日本、欧洲、北美、澳大利亚、台湾、香港以及韩国，玩家能以零售和下载方式来获得游戏。能够超进化的神奇宝贝数量增加，已经公布的新的超级神奇宝贝包括蜥蜴王、巨沼怪、勾魂眼、巨金怪、蒂安希、七夕青鸟、暴蝾螈、长耳兔、差不多娃娃、呆河马、喷火驼、巨牙鲨、艾路雷朵、烈空坐、大针蜂、比雕、拉帝欧斯、拉帝亚斯、大钢蛇、冰鬼护。固拉多和盖欧卡可以进行回复原始，变化后型态为原始固拉多和原始盖欧卡。丰缘图鉴新增了艾路雷朵、大朝北鼻、夜黑魔人、铃铛响、超铁暴龙、雪妖女、含羞苞、罗丝雷朵和自爆磁怪共9只第四世代神奇宝贝插入原编号中。新增可以变装的皮卡丘，通过改变服装可以学习普通形态无法学会的技能。无限神奇宝贝的超进化型态可以进入飞行模式，使主角在全丰缘地方上空飞行，且可以寻找异次元入口，遇到第二世代、第四世代及第五世代的传说中的神奇宝贝，而它们都是由胡巴传送过来。在第一轮游戏结束后，小田卷博士会再送出城都地方、合众地方和神奥地方的初学者神奇宝贝，是不计配信、历代版本中送出最多初学者神奇宝贝的版本。一周目后期可以遇见很多丰缘图鉴中没有的神奇宝贝，包括部分传说中的神奇宝贝。
百万进化百（日文︰メガシンカ，英文︰Mega Evolution）是一种首次出现在第六世代，只发生在对战过程中的暂时性进化。然而并非所有的神奇宝贝都能百万进化，这种进化目前仅出现在特定的神奇宝贝身上。
要进行百万进化，必须在对战之前，由度该神奇宝贝携带相对应的百万石，也要有一定的亲密度。战斗时，主人公以食指和中指触碰另一手手腕上百万环中的键石，和神奇宝贝身上所携带的百万石产生共鸣，使神奇宝贝在该回合对战双方出招之前发生百万进化。但并非所有人的键石都放置于百万环上，问例如道馆训练家小黄瓜的键石位于手套上、闪光队首领强蜀的键石位于戒指上、冠军答康乃则放置于项链上。
条件方面，在每场对战中，主人公的队伍只能有一只神奇宝贝发生百万进化，但队伍里可以存在多只携带百万石的神奇宝贝，在对战未结束之前，百万神奇宝贝无法变回原来的样子，就算交换也一样，且即使该百万神奇宝贝濒死，其他神奇宝贝也无法进行百万进化，复活专後也只能恢复一般状态，无法再次进行百万进化。属对战结束后，百万进化的神奇宝贝将会恢复原样。
通过百万石进化后的神奇宝贝，在种族值、属性、特性都可能会有所改变。
English: mega
日 语:メガ
注:中文意思是:兆(欧)。