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阿卡姆疯人院事件后一年，院长Quincy Sharp成为高谭市市长，随后下令关闭疯人院与黑门监狱（Blackgate Peniteniary）、收购市内贫民区并把所有囚犯移送至此大型开放式监狱设施“阿卡姆之城”。设施由心理学家雨果博士（Hugo Strange）管理，保安则由私人武装组织TYGER Security负责，e799bee5baa6e78988e69d83336囚犯能在不企图越狱的前提下在设施内自由活动。
布鲁斯·韦恩（Bruce Wayne）召开记者会反对设立阿卡姆之城，不久被TYGER佣兵拘捕关进阿卡姆之城（雨果博士此时透露自己已知悉其蝙蝠侠身份并准备执行“第十号计划”（Protocol 10））。在管家阿尔弗雷德·潘尼沃斯（Alfred Pennyworth）协助下布鲁斯取得蝙蝠装成为蝙蝠侠，并在旧法院分别阻止双面人（Two-Face）及小丑（Joker）杀死猫女（Catwoman）。由于认为小丑了解第十号计划详情，蝙蝠侠追踪至西恩尼斯炼钢厂（Sionis Steel Mill）但遭伏击：受泰坦毒液（Titan）影响，小丑之血液出现了致命性突变，而蝙蝠侠于醒来后发现小丑不但已对自己进行了输血，也把带毒血液传送了至高谭市各医院。为获得解药，蝙蝠侠寻求急冻人（Mr. Freeze）协助。
蝙蝠侠于国家历史研究所（Cyprus Pinkney National History Institute）击败企鹅人（Penguin）与不死怪物所罗门·格兰迪（Solomon Grundy）后救出急冻人，但急冻人表示解药因缺乏一种复原性酵素而不具效力，蝙蝠侠认为忍者大师（Ra's al Ghul）之血液含有该酵素并能把解药完成。在追踪至忍者大师及其女儿泰莉亚（Talia）之地下盘据地后，蝙蝠侠击败忍者大师成功取得其血液。急冻人于高谭中央警署（Gotham Central Police Department）完成解药并以此威胁蝙蝠侠救出他被小丑劫持之妻子，蝙蝠侠于击败急冻人后却发现解药已被哈莉·奎茵（Harley Quinn）偷去。
蝙蝠侠返回炼钢厂后发现小丑已康复，而雨果博士于二人战斗中执行第十号计划：命令TYGER佣兵轰炸阿卡姆之城把囚犯消灭。蝙蝠侠被从天花板掉下之瓦砾压着无法脱身，泰莉亚此时现身阻止小丑杀死蝙蝠侠并以长生不死之秘密作为交换条件。蝙蝠侠其后由猫女救出并在阿尔弗莱德忠告下以阻止第十号计划为优先任务。于阿卡姆之城最高建筑物奇迹铁塔（Wonder Tower）顶部蝙蝠侠制伏雨果博士并关闭第十号计划，却发现忍者大师才是计划之主导者。雨果博士因事败而被忍者大师重创，但在垂死时启动“第十一号计划”（Protocol 11）把铁塔炸毁，蝙蝠侠与忍者大师从塔上跳下，但忍者大师于着地前自杀。
此时小丑联络蝙蝠侠并以泰莉亚作质威胁他前往君王剧院（Monarch Theatre），小丑要求蝙蝠侠交出解药之际被泰莉亚杀死，泰莉亚向蝙蝠侠展示她从哈利手上夺回的解药但被仍患绝症的小丑枪杀：被泰莉亚刺死之“小丑”乃泥面人（Clayface）。蝙蝠侠击败泥面人后喝下一部分解药，但在犹豫应否把余下解药交予小丑时被后者袭击，导致解药脱手掉落地上。蝙蝠侠向垂死之小丑表示即使他恶贯满盈仍会救他，小丑听毕后终不支倒地死去。
蝙蝠侠把小丑尸体抬离阿卡姆之城置于赶至城外的一辆警车上，并在没有回答高登局长（Gordon）的询问后默言离开。
1.雨果由于要实现自己的计划所以不希望蝙蝠侠来捣乱，于是布鲁斯将计就计故意组织新闻发布会就是为了自投罗网的。因为雨果是知道蝙蝠侠的真正身份就是布鲁斯韦恩的。于是雨果就觉得干脆把他抓起来干掉。结果布鲁斯也是设计好就通过这种方式进去的。
2.猫女偷的那个是记忆卡，但是里面是什么我忘记了。。在那个阿卡姆故事里面有的。就是在游戏里面对这一些特殊的场景或者细节按住一小会x 就会收集到的那些，是谜语人的收集要素的一部分。收集到的故事可以在资料里面看的。这一部分在“猫女和双面人”这个故事里有讲。
3.十号协议的本质就是把罪犯和疯子集中起来杀光。这个是拉萨格尔（游戏中翻译忍者大师）交给雨果的任务，拉萨格尔的目的是所谓“净化”这个世界，给雨果的好处是继承他的位置称为影子军团的领袖长生不老。但拉萨格尔觉得雨果做得不够好于是。。就是最后那些剧情。
至于发武器是出于e799bee5baa6e4b893e5b19e335别的目的，也是在故事集里有讲的但是我记不太清楚了。我记得给企鹅的武器是因为他想研究这些罪犯（企鹅阿小丑啊双面人啊之流）但是这些人也不是喜欢没事干就坐下来和你聊天玩的，所以企鹅拥有的武器是他作为给雨果讲故事要求的回报。
如果多收集谜题和问号奖励解开故事和录音的话就能知道很多主线剧情里没有直接表达的故事的。楼主不妨去试试
简单的理解剧情的话就是说有两条主线。一条是雨果的一条是小丑的。
主线任务做完了会开启额外剧情，就是重玩一遍游戏，人物打你的时候头上不会出现反击图标（闪电），所以你打架的时候得高度注意。人们将更难对zd付，你将开始就能使用所有道具。而且你如果去游民打了3DM的12DLC整合包，你将能在挑战和剧情中更换蝙蝠侠的样子。整合包打了还能在挑战中用夜翼和罗宾，多了几张挑战地图。支线任务做完没什么版用，就是有些能让你得到额外道具，如“冰与火”，你会得到大范围冰霜手雷，只不过比冰霜手雷厉害一点，不要也没关系。最好还是做了，剧情有些比较权给力。英格玛之谜（救人质）做了可以在地图上显示谜题和问号的位置。还有就是提升你存档的完成度。
回答一下……玩了都不知道好几遍的游戏了……蝙蝠侠也是我最喜欢的一个超级英雄
1、楼主理解的很正确，从小丑在蝙蝠侠胸前沾的那个联络器就能看出，小丑病重，没有能力去救冰冻人拿解药，并且冰冻人也明示暗示都说过不准备帮助小丑，还有小丑还需要时间自己暗地里面做一些自己的勾当，比如盗取飞虎队的武器之类的事情，所以就让蝙蝠侠去拿解药。
2、那个夏普，前一作楼主肯定木有仔细看，前一作疯人院里面有一个收集项目是阿卡姆疯人院编年史，还有就是夏普人物简介，综合来看，夏普根本不是什么好鸟，为了自己的仕途官运，不惜与坏蛋勾结，什么人做什么他都不管，只要最后自己能当上大官就可以，夏普建立的那个疯人院也是为了要当市长最准备的。雨果的阴谋说白了很无聊，把坏蛋集中起来，然后统一消灭，然后说是自己的功劳，最后让自己成为英雄人物，但是当然了，也要把知道真相会坏事的蝙蝠侠也一起消灭了。
3、这些个坏人都是哥潭市里面有名的坏蛋头子，他们各自有自己的理念，有自己的小弟，有自己的做法，他们互相有时候会为了做坏事而勾结，但多半最后会在事成之后背信弃义，他们每个人都有自己的故事，互相利用，每个坏人之间有的还有死敌的关系，说白了把他们都当成黑帮老大就能大概理解了，每个人都想称霸，但是不先结盟干掉其中几个还不行，亦敌亦友的关系。
4、猫女呀，很好玩的一个角色，也坚决不杀人，只是偷一些贵重的东西卖点钱养活自己，大恶不犯，小恶不断，这么一种人，和蝙蝠侠关系极其暧昧，但也仅仅止步于暧昧的关系。
5、忍者大师一直的理念是要找一个他的接班人，能强到杀死自己领导他的忍者大军的接班人，他已经厌恶了无穷无尽的生命，但是使命7a64e4b893e5b19e363使然，他不能在没有找到接班人之前就死，其实忍者大师不光看好蝙蝠侠，他也看好雨果博士，也指望雨果能成为他的接班人，不惜一切代价毁灭邪恶，雨果博士差一点就做到了，这之前也一直受到忍者大师的各方面支持，所以说忍者大师是真正的幕后主使。蝙蝠侠救忍者大师，很明显嘛，蝙蝠侠是正义的化身，救个人而已，并且最重要的，忍者大师可是蝙蝠侠的准岳父呀……人家女儿都给蝙蝠侠生娃了呀…………
6、小丑女那话说我刚开始也很疑惑，但后来无聊了把她嘴上的胶带撕开沾上来来回回好几遍，大概明白了，本来就是小丑为了给蝙蝠侠留口信的一种方式，小丑和小丑女他们两个半疯的人，行事本来就没有基本准则，小丑的计划中小丑女已经失去了作用，解药已经被忍者大师的女儿抢走了，没用的小丑女就被小丑随意处置了……本来小丑也就是玩玩小丑女的……一直是小丑女一厢情愿跟着小丑的……