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地球上的战争虽然结束，但变形金刚之间的战争并未告终。红蜘蛛飞回塞博坦星球，打算带着霸天虎军队再回地球与汽车人一决死战。汽车人发现威震天的尸体不见了，原来已被萨克巨人偷走，威震天随后被再次激活，决心反攻汽车人。与此同时，红蜘蛛也率领塞博坦的援军赶来。一直生活在地球人类之间的汽车人这时也已经增强了自己的战斗力，一场大战所难免。男孩儿山姆因为掌握了有关变形金刚的起源以及古老时期到访地球的线索而遭到霸天虎的追击。霸天虎为了获取这些信息，妄图生擒山姆。汽车人、美军和其它多国部队联合起来抵抗霸天虎的袭击。最后人类和汽车人战e79fa5e98193e4b893e5b19e361胜了霸天虎，地球恢复了和平。
On although Earth's war ended, but between the distortion Jin'gang's war has not come to an end. The red spider flies back fills the abundant Tanzania star, planned that brings the tyrant day tiger army to return to the Earth and an automobile person desperate fighting again. The automobile person discovered that overawes the day the corpse to disappear, originally was stolen away by the Sack giant, overawes the day to activate once more afterward, was determined that counter-attacks the automobile person. Meanwhile, the red spider also leads to fill the abundant Tanzania's subsidiary troops to catch up with. The life also already has strengthened own battle efficiency by now between the Earth humanity's automobile people, a war unavoidable. Because boy Sam has grasped the related distortion Jin'gang's origin as well as the ancient time visits Earth's clue to encounter the tyrant day tiger's pursuit. Dominates the day tiger to gain these information, attempts to capture alive Sam. The automobile person, the US military and other Multinational force join up resist the tyrant day tiger's attack. Finally the humanity and the automobile person defeated the tyrant day tiger, the Earth regained peace.
正邪双方争夺“领导模块” 小说的名字《THELASTPRIME》中，“Prime”指的就是13个最原始的机器人——就是上一部中能量巨大的魔方“火种源”创造的13个变形金刚。这群变形金刚发明了“领导模块”，它可以帮助变形金刚从太阳中吸取能量。其中一个“堕落金刚（TheFalen）”想把“领导模块”占为己有，另外12个变形金刚为了不让他得逞把领导模块藏在了一个墓中。堕落金刚杀死同胞后没有停止寻找，只有“ThePrimes”最后幸存的后代擎天柱可以阻止他。 因此在这一集中，堕落金刚才是邪方的大头目，连威震天也不过是他的手下。说到威震天，在上集中被干掉的他在这一集中复活了。机器狗和医生从国家安全局窃取到了魔方碎片，到海底插入威震天的体内，使威震天重出江湖。 【第一轮高潮】 “上海之战”擎天柱小胜 片方在拍摄时就在美国打造了一个上海城，上海的故事正是整个剧情的开端，一场机器人大战掀起了影片第一个小高潮，在这场大战中，擎天柱和他的兄弟们干掉了破坏者。 留在地球上的汽车人铁皮、横炮、双胞胎机器人在擎天柱的带领下和人类军方Epps、Lennox一起合作，追踪狂派残党。他们顺着破坏者的信号找到了他，但在靠近时破坏者变形成为巨轮——这在预告片中已经可以看到，不过擎天柱和铁皮从他的侧面袭击最终击败了他。与此同时，横炮也把边路干掉了。破坏者在死之前透露了“堕落金刚”的名字。擎天柱和他的兄弟们这才开始注意到“堕落金刚”。 【最离谱情节】 萨姆差点恋上机器人 从剧情中看，《变形金刚2》中还将有一些搞笑的段落。擎天柱追杀“破坏者”的上海一战后，留在萨姆口袋里的魔方碎片掉到了地板上，在地上烫了一个洞，又掉到楼下的厨房，并把约6样厨房电器变成了变形金刚，微波炉和手机打了起来，微波炉把手机吞进肚子里加热杀了它，这些机器人跑上了楼追着萨姆，幸好大黄蜂来了，他消灭了这些机器人，但也把房子破坏了。 除了微波炉和手机大战之外，更离谱的恐怕要算发生在萨姆身上的“移情别恋”。萨姆在大学中结识了一个美貌的女孩爱丽丝，在爱丽丝的万般引诱下，萨姆也有些动心。有一天，就在爱丽丝即将与萨姆“一吻定情”的时候，米凯拉赶到了。与此同时，萨姆的室友、机器人爱好者里奥在电视里看到了一个机器人和爱丽丝长得一样，这时萨姆才明白，原来爱丽丝是受霸天虎操控的、来自迪士尼乐园的人形机器人，目的是为了从他那里获取驱动模块中的信息。经过一番争斗，萨姆、米凯拉、里奥坐上车，逃离了宿舍，然而他们还没来得及庆幸就被一架霸天虎的直升机机器人抓住了。 【预留续集空间】 擎天柱死而复生 萨姆被霸天虎抓到后，威震天和红蜘蛛就开始折磨萨姆，蛛形机器人“医生”准备用一把钢锯从萨姆脑子里获取驱动模块的信息。就在此时擎天柱和大黄蜂及时赶到，救下了萨姆他们，双方开始激战，一直打到工厂外面的树林里。虽然铁皮、救护车和双胞胎机器人后7a64e58685e5aeb9364来赶走了威震天，但擎天柱在那之前独自和3个霸天虎大战，最后被威震天从背后刺杀，挂了。 最终，萨姆凭借自己的特异功能得到了驱动模块，并将这个驱动模块插入了擎天柱体内使他活了过来，而“天火”为了让擎天柱重获力量，牺牲了自己贡献出了火种。随后，加上救护车的帮忙，擎天柱终于焕然一新、重装上阵。经过一番恶战，擎天柱终于将堕落金刚永远地关进了虫洞，而威震天和红蜘蛛则趁他们打作一团时偷偷溜走了，这也为《变形金刚3》留下了继续的可能。
他们原来的首领醒过来了 擎天柱要帮助他打百败霸天虎 但是后来发现他们的首领早就叛变了 已经和霸天虎一起的度了 霸天虎要求人类驱逐擎天柱他们离开 并承诺这样就不攻打版人类 擎天柱离开后 飞船在半途中爆炸了 霸天虎开始攻打人类 而这个时候擎天柱又回来了 打败了霸天虎他们 但是擎天柱少了一条胳膊
自己权写的说